软件文献https://academic.oup.com/jhered/article/90/4/502/860820
下载直接安装即可,最新版本version 1.2.02 (16.II.1999),不知道有没有其他较新软件可用,或者软件只是基于某个基础理论供试进行计算的软件。
软件支持GENEPOP 格式
使用Genalex 可将Genalex可读格式转换为GENEPOP 格式,使用Genalex导出
add date file 导入转换后GENEPOP 格式,选择变异模型 ,Go 即可
由于SSR位点的数量及数量限制选择不同的 mutation model,
少于20个位点使用 Wilcoxon’s test is the most appropriate
and powerful.
使用TPM
For most mi-crosatellites, the
TPM
(two-phase model)is apparently even more appropriate than
the
SMM
When using microsatellites we recom-
mend the TPM with 95% single-step mu-
tations and 5% multiple-step mutations
不知道对不同突变模型的中文是什么。
SMM one-step stepwise mutation model 逐步突变模型,或单步突变模型
IAM: infinite allele model 无限等位基因模型, 或
以下论文
[1]杨胜林,徐龙鑫,杨海兵,李爱萍.中国5个矮马品种的瓶颈效应分析[J].中国畜牧兽医,2013,40(01):140-144.
位点多余20 使用 standardized differences test
少于20 使用 Wilcoxon’s test
现在是理解结果文件,结果文件是按不同群体进行划分内容的,一个群体一部分,群体内计算的是不同TEST下的不同模型的一些情况