笔记本新添加了硬盘,所以将ubuntu系统安装在了新添加的硬盘上。新安装的系统需要删除旧的内核,使用最新的内核。删除旧内核的教程网上有很多,直接参考照做就行了。使用最新的内核以后如果直接执行命令:sudo apt-get install r-base的话安装的一直都是3.4.4版本的R。这会存在一些问题,比如当你使用Rstudio安装Git-hub上的安装包的时候,BiocManage::install(packagename)使用不了,会提示你没有BiocManage这个包。因为BiocManage在R3.4.4中使用不了,所以就得安装最新版本的R。
1. 修改sources.list源文件
在/etc/apt/sources.list文件末尾根据系统版本添加相应的R源
ubuntu18.04对应的是第一个(bionic-cran35)。
如果你是其他版本的ubuntu,可以点开README看以下你的版本所对应的R源。
即在终端执行:sudo gedit /etc/apt/sources.list
在/etc/apt/sources.list文件中添加与系统相应的R源:
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu disco-cran35/
或者
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu cosmic-cran35/
或者
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/(我的ubuntu18.04就添加的是这个)
或者
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/
或者
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty-cran35/
2.添加CRAN存储密钥,更新软件源
CRAN中存储的Ubuntu包需要通过密钥E084DAB9进行签名验证
sudoapt-keyadv--keyserverkeyserver.ubuntu.com--recv-keysE084DAB9
然后更新软件源
sudoapt-get update
3. 安装R基本版本
sudo apt-getinstall r-base
sudo apt-get install r-base-dev
安装结束之后打开R,看一下是不是最新版本的,到目前为止,R最新版本是3.6.1,所以完成R最新版本的安装。
2019.08.24
使用apt-get安装了最新版本的R,但是出现了一个问题,这个问题困扰了我好几天,个人觉得如果你跟我一个不会配置各种文件,如Rprofile,那就用anaconda安装R和rstudio吧。
首先说说我使用apt-get install 安装R后遇到的问题:install.packages("devtools",dependencies = TRUE)会报错。错误提示如下图:
也搜索了很多解决类似问题的帖子,但是最终都没有解决问题。好,那么我就使用anaconda安装R和rstudio,同样也是安装了好几次,我的安装方法是这样的。
conda install R
conda install rstudio
这样安装可以得到最新版本的R(3.6.1),但是问题来了,问题和apt-get install安装的R出现的问题一样(安装devtools失败,错误提示一样)
现在我终于解决了这个问题,使用conda 安装的时候不使用上面的两个命令,而是下面这两个:
conda install r-essentials --yes
conda install -c r rstudio --yes
但是这两个命令安装得到的R是3.5.1版本的(如下图)
在rstudio中安装devtools成功,执行完install.packages("devtools",dependencies = TRUE)之后,library(devtools),提示需要载入程辑包usethis,那就安装程辑包usethis:install.packages("usethis",dependencies = TRUE),安装完成后library(usethis)之后再次library(devtools),加载成功!终于成功,虽然R的版本旧,可能会出现一些问题,但是一个包费了我好几天,实在不想折腾了,就让这个问题到此结束吧。
参考: