顺式作用元件（转录因子结合位点）
通常，真核细胞基因由编码蛋白质的编码区和具有调控作用的非编码区组成。其中，编码区由外显子和内含子间隔排列，而非编码区，又称“侧翼序列”，特指第一个外显子和最末一个外显子的外侧区域，包含有启动子、终止子、上游启动子元件、增强子、沉默子、反式作用因子等元件。顺式作用元件是一段非编码DNA的区域序列。 顺式作用元件指的是调控元件一般是指5丿端上游的增强子以及启动子元件等，与其调节的基因处于同一条染色体一个区段，则称为这些元件为顺式作用元件。
反式作用因子（转录因子）
反式作用因子(trans-acting factor)则是指通过直接结合或间接作用于DNA、RNA等核酸分子，对基因表达发挥不同调节作用(激活或抑制)的各类蛋白质，其本身对基因表达没有调控作用，只是阻断来自上、下游的调控效应。反式作用因子主要指能结合在基因序列上的特异性蛋白质──转录因子。反式作用因子是蛋白质。反式作用因子指不是自己去调控基因而是转录出的东西去调控基因。比如A基因转录出TF1，而TF1可以和很多基因结合，那么我们称A基因是这些受TF1调控基因的反式作用因子。
