文献阅读-nomogram文章(七)

题目:Development and Validation of a Radiomics Nomogram for Preoperative Prediction of Lymph Node Metastasis in Colorectal Cancer
logistic回归;放射组学;结直肠癌;淋巴结转移
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一.纳入病人

纳入2007.2-2010.4共326名行手术切除的结直肠癌病人作为训练集,纳入2020.5-2020.12共200名行手术切除的结直肠癌病人作为测试集。324名训练集患者中,166名淋巴结转移阳性,158名淋巴结转移阴性;200名训练集患者中,101名淋巴结转移阳性,99名淋巴结转移阴性。

二.影响组学得分计算

将CT展示出的影响组学特征进行分析,从中提取150个特征,利用lasso回归降维至24个,将24个特征整合计算Rad score,作为一个单独的变量纳入多因素logistic回归的模型。

三.结果展示

1.基线特征

在训练集和测试集里,LN(+)和LN(-)组在许多基线特征方面均有较大差异。

2.影响组学特征的选取

这篇文章的目的是研究影响组学特征和结直肠癌淋巴结转移的关系,影响组学特征有很多,全部纳入模型肯定不现实,因此作者考虑使用十折交叉验证lasso回归降维,再把降维后得到的特征进行整合纳入模型。
用CT获取了150个影像组学特征,使用R里glmnet包进行降维,结果如下:


lambda1

左边的垂直虚线代表lambdamin的值,右边的垂直虚线代表lambda1se的值。作者选取lambda1se纳入:


lambda2

在lambda1se处,我们获得了一个模型,进入该模型的变量为24个(变量数从150个减少至24个)。具体每个变量名称和系数,通过glmnet包均可显示出来,这个24个影像学特征变量最终构成的是后续我们研究中的一个变量,即Radiomics signature(影像组学)。

3.nomogram模型建立

nomogram

将影响组学计算得到的Radiomics signature与其他特征一起,通过向后逐步回归法纳入多元logistic回归模型,建立nomogram图。

4.模型验证

4.1区分度和就校准度

在这篇文章里,作者在三个队列里进行和模型验证,分别是(1)原训练集(Primary Cohort);(2)原训练集里的Internal validation(抽取60个人);(3)测试集。同时在原训练集进行模型验证时,采取了重抽样的方法。
作者关于calibration plot和HL-test的描述:
The calibration curve of the radiomics nomogram for the probability of LN metastasis demonstrated good agreement between prediction and observation in the primary cohort. The Hosmer-Lemeshow test yielded a nonsignificant statistic (P = .916), which suggested that there was no departure from perfect fit.

4.2NRI

作者尝试在模型中加入histologic grade,使用净重新分类指数(Net Reclassification Index,NRI)评估,发现对模型没有改善能力,因此不把histologic grade纳入模型。
作者关于NRI的描述:
Although a slightly higher C-index was observed for the model with histologic grade integrated into the validation cohort (0.788; 95% CI, 0.779 to 0.797), integration of the histologic grade into the prediction model did not show significantly improved prediction performance (NRI, 0.014; P = .44; event NRI, 20.70;nonevent NRI, 0.72; negative percentage for the event NRI indicates a net worsening in risk classification for patients with LN metastases).

3.DCA
DCA

作者描述:The decision curve showed that if the threshold probability of a patient or doctor is . 10%, using the radiomics nomogram to predict LN metastases adds more benefit than either the treat-all-patients scheme or the treat-none scheme

四.讨论

掌握原文讨论里作者应用lasso回归和DCA的原因。

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