TarBase:有实验数据支持的miRNA靶基因数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

TarBase是一个有实验证据支持的miRNA靶基因数据库,目前最新版本为v8, 经历了长达10年左右的收集与整理,网址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex

该数据库中包含了多个物种的miRNA靶基因信息,各个物种相关信息汇总如下

可以看到,主要还是人和小鼠的靶基因信息,占据了90%以上。

对于每个靶基因,都会给出相关的文献,组织类型,检验的方法等数据,数据库中各项信息的数据量汇总如下

通过如下所示的搜索框,可以检索该数据库


可以同时输出miRNA和gene, 也可以只输入其中一种进行检索。输入的miRNA名称需要符合mirBase数据库中的miRNA名字的格式,对于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID两种格式。

检索结果可以分成以下三级

1. target info

第一级就是miRNA靶基因信息,每一行代表一个miRNA和靶基因的相互作用,示意如下

对于每个靶基因,会给出对应的支持该证据的方法,low代表的是一些传统的实验手段,通量低,high代表高通量测序的分析结果。

2. methods

每行的末尾有一个下拉的箭头,点开之后就是第二级的结果,示意如下

3. binding sites

第二级的下拉列表展开之后,可以看到具体的结合区域信息,示意如下

在页面左侧的也提供了筛选功能,示意如下

该数据库目前只提供了检索功能,如果要下载对应的内容,需要向开发团队进行申请。

TarBase中将实验证据分成了lowhigh两类,low代表的是传统的实验手段,相对高通量测序的分析结果,该结果的可靠性更高一点,我们可以通过筛选low方法支持的miRNA靶基因信息,从而得到一个高质量的miRNA靶基因数据集。

·end·

—如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—


扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 199,440评论 5 467
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 83,814评论 2 376
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 146,427评论 0 330
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 53,710评论 1 270
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 62,625评论 5 359
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,014评论 1 275
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,511评论 3 390
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,162评论 0 254
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,311评论 1 294
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,262评论 2 317
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,278评论 1 328
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,989评论 3 316
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,583评论 3 303
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,664评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,904评论 1 255
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,274评论 2 345
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 41,856评论 2 339

推荐阅读更多精彩内容