ggplot2作图将Y轴的标签放到右边
正常坐标轴都是位于左边和下边，如果要改成上边或者右边可以使用如下代码
正常
library(ggplot2)
df<-data.frame(x=1:10,y=1:10)
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_point()
image.png
不正常
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
geom_point()+
scale_x_continuous(position = "top")+
scale_y_continuous(position = "right")
image.png
ggplot2 title放中间
library(ggplot2)
ggplot()+
geom_point(aes(x=1,y=1))+
labs(title=expression(R^2==0.56))+
theme(plot.title = element_text(hjust=0.5))
image.png
ggplot2更改绘图边界
library(ggplot2)
ggplot()+
geom_point(aes(x=1,y=1))+
labs(title=expression(R^2==0.56))+
theme(plot.title = element_text(hjust=0.5),
plot.margin = unit(c(1,4,1,1),"lines"))
image.png
四个位置 控制的分别是上右下 左
数据分组排序
> df<-data.frame(group=c("A","A","A","B","B","B"),
+ value=c(5,4,7,2,6,4))
> library(dplyr)
Attaching package: ‘dplyr’
The following objects are masked from ‘package:stats’:
filter, lag
The following objects are masked from ‘package:base’:
intersect, setdiff, setequal, union
> df%>%
+ group_by(group)%>%
+ arrange(group,value)
# A tibble: 6 x 2
# Groups: group [2]
group value
<chr> <dbl>
1 A 4
2 A 5
3 A 7
4 B 2
5 B 4
6 B 6
GO注释结果整理
GO注释的结果通常是两列，第一列是GO号，第二列是好多基因名，用逗号分隔。就是下面这种
GO0001 gene1,gene2
GO0002 gene5,gene3,gene4
GO0003 gene3,gene10
有时候我们需要把它整理成，单个基因对应一个GO号的形式
就是这种
V1 V2
<chr> <chr>
1 GO0001 gene1
2 GO0001 gene2
3 GO0002 gene5
4 GO0002 gene3
5 GO0002 gene4
6 GO0003 gene3
7 GO0003 gene10
我最开始的解决办法是写简单的python脚本，昨天在一个微信群里看到有人给出的R语言代码，很好用，记录在这里
#install.packages("tidyr")
library(tidyr)
df<-read.table("../Some_data/pra.txt",header=F,sep=" ")
df%>%
separate_rows(V2,sep=",")
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