最近重新安装Snippy进行SNP分析时,发现一开始就报错了,查看日志中发现提示没有安装bcftools,可是用conda装的欸怎么可能会漏软件呢,然后就试着运行一下bcftools结果报错:
bcftools: error while loading shared libraries: libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory
在网上找了一下解决方法,问题就是:
The bioconda bcftools package has been built using the conda-forge gsl package.Fairly recently, the defaults channel has started supplying up-to-date (in terms of version number) versions of gsl, but these are evidently not compatible with the conda-forge packages.
意思就是bioconda中的 bcftools 包是使用 conda-forge gsl 包构建的。默认频道已经开始提供最新的(就版本号而言)gsl 版本,与 conda-forge 软件包不兼容。
解决方法就是,安装时增加一个参数(--strict-channel-priority):
conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults snippy --strict-channel-priority
这样就能保证bcftools的版本是兼容的,运行也没出问题了。