1662年，爱新觉罗玄烨成为清朝入关以后的第二个皇帝。同年，郑成功病逝，郑氏集团内部发生权力斗争。清廷的辅政大臣们商议了一番，决定派使者去厦门，说服郑氏归顺。台湾问题最终能和平解决吗？
一、
当时的郑经，还驻守在厦门，正想回台湾夺权，却又担心清廷进攻厦门。正犹豫之际，部下报告：清廷派使者来了。
于是，郑经马上与伯父郑泰商议好和谈条件。使者来到后，他拿出南明皇帝赐给的印玺，同时说出了自己的条件：像朝鲜那样，称臣、纳贡，但不剃发。
和谈期间，郑经断定清廷不会趁机来攻，将郑泰留在金厦，自己率领舟师急赴台湾。
清廷明面上按兵不动，但背地里却在通过间谍散布流言，借以扰乱郑氏人心。
郑经来到台湾后，展开了一场大清洗，一大批熟悉水战将领被逼出走。这些官兵后来成为清廷水师的主力。
施琅趁机上奏，出兵厦门。施琅也曾是郑氏部将。郑成功进军台湾时，金厦这块后方基地，一直由施琅镇守。郑成功攻下台湾后，认为金厦过小，距离大陆太近，易受清军攻击，不如放弃此地，撤至台湾。施琅则认为，金厦是反击大陆的跳板，坚决反对放弃。
郑成功认为施琅想自立门户，不但杀了他的全家老小，还派人赴金厦准备捕杀施琅。提前得知消息的施琅，愤而降清。对郑氏，他有深仇大恨。
但清廷虽然有福建水师，但远不如郑氏善战，这时，荷兰人来了，他们企图再次夺取台湾，就向清政府表示，愿意帮助他们夺取金厦，条件是清廷允许他们进驻台湾岛。
当时，清廷统治者一方面还没有占据台湾的意识，一方面苦于海军实力不足，就答应了荷兰人的要求，与之联合进攻郑氏。
就这样，荷兰出动了2653名士兵，17艘战舰，帮助清廷作战。在荷兰舰队的援助下，清军取得金门、厦门，郑经退守东山岛。后来，姚启圣还想与荷兰人组成联军，攻打盘踞在台湾的郑氏，但荷兰人却放弃了占据台湾的打算。因此清廷与荷兰只有这一次短暂的军事合作。
攻取厦门后，施琅多次出兵，欲拿下澎湖，都因为中途遇到台风，不得不西还。至此，朝堂又响起了主和的声音。
二、
康熙六年（1667年），清廷两次派人去台湾劝降郑经，都没有成功。
这一年，施琅两次上书，建议对台湾采取“寓剿于抚”的策略，结果没有任何回复----当时朝堂上正在明争暗斗，吴三桂也在虎视眈眈，谁有心思顾及台湾？
两年后，康熙亲政。皇帝派遣兵部尚书明珠招抚，结果还是老样子：双方依然在郑氏是否剃发，是否如朝鲜例两个问题上争执不休。没办法，两岸继续维持分裂的现状。
直到三藩之乱打破了僵局。
康熙十二年（1673），撤藩令逼反了吴三桂，他打出兴明讨虏的旗号，靖南王耿精忠、平南王尚之信相继响应。郑经看大陆乱了，也派出水师进攻广东、福建，占据了沿海的漳州、泉州、潮州、惠州四地。这让耿精忠非常不满，因为郑经占据的大部分是他的地盘，两家顿生仇隙。
到1681年，持续八年的三藩之乱，终于平定。清廷终于可以腾出手来，收拾郑氏了。这一年，郑经去世，郑氏内部发生了血腥的权力斗争。长子郑克臧，做事井井有条，未尝有过，大臣冯锡范却毒死了他。然后，他拥郑经幼子，年仅10岁的郑克塽继位。冯锡范掌权后，排斥异己，贪赃枉法，不堪忍受的郑氏官兵纷纷渡海降清。
这时，大学士李光地建议康熙，趁此良机，剪除根株。康熙深以为然，传旨文武大臣要同心合志，底定海疆。重新启用在京闲居13年的施琅，又命总督姚启圣与之同心协力。
值得一提的是，康熙实行了“穷台”战略。除了人们熟悉迁界禁海（这一点有利有弊），还有就是加强了与日本的贸易联系。
在此之前，郑氏家族一直掌握着中日贸易的渠道，这才有了源源不断的经费。清日双方在长崎进行贸易，这让郑氏集团的收入大大减少，从而加剧了集团内部的倾轧。
三、
经过一年准备，施琅率水师从平海（今福建莆田市）出发了，途中遇台风，只好撤回。
次年6月，施琅再次率水师三万，战船三百多艘出击，直驱澎湖。守卫澎湖的是大将刘国轩，此人勇略不下施琅，因此这一战打得非常激烈。两军厮杀了整整七昼夜，连施琅右眼都受了伤。经过短暂休整，清军再次出击，一番激战，郑军大败，死伤过万，五千人投降，主将刘国轩退回台湾。
澎湖海战后，郑氏内部对降是守展开了激烈争论，有大臣拿出吕宋地图，提议攻下此地，继续与清廷对抗。冯锡范对这一建议非常赞同。
这时，刘国轩说话了：“如今的局面，是守则有变，战则难料。最好的办法，还是请降为好。”
在清廷强大的军事压力下，郑氏集团决定投降。1683年10月，施琅的军舰登上台湾岛，郑克塽匍匐请降。
当年，他的祖父郑成功在听到施琅降清的消息后，长叹：“楚国之患，其在伍子胥矣！” 就是说施琅会向伍子胥对待楚王那样，对郑氏血债血偿。但出乎意料的是，施琅登岛后，不但没有大肆杀戮郑家人，还亲自到郑成功祠前祭拜。
郑成功终究错看了施琅。
四、
攻取台湾后，朝堂上对台湾的是弃是留起了争端。相当一部分满族的王公大臣，认为台湾孤悬海外，只因郑氏占据此地对抗朝廷，才不得已发兵攻打。如今郑氏的威胁已经解除，应“迁其人，弃其地”，避免劳民伤财。
这时，幸亏有施琅、姚启圣等人挺身而出，坚决反对放弃台湾。施琅更是以亲身经历向康熙说明，台湾物产丰富，有大量大陆移民在此定居。而且，台湾的战略地位十分重要，是“江浙闽粤四省之左户”，一旦被夷人窃据，后果不堪设想。
终于，康熙决定留守台湾，在此设立一府（台湾府）三县（台湾县、凤山县、朱罗县），隶属福建管辖。又设台湾总兵官一员，兵八千，守卫台湾。
至此，台湾岛正式纳入中央政府管辖。
