Linux基础课程系列：
Linux软件安装方法主要包括conda，二进制文件安装，源代码安装，java编译的软件。
一、conda
1. conda简介
conda是所有语言的包、依赖和环境管理器 (Package, dependency and environment management for any language—Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/, C++, FORTRAN, and more.)
适用平台: Windows, macOS and Linux.
官网: https://www.anaconda.com/
2. conda安装
- 下载
服务器在国内的选择清华或者北外，如果服务器在国外选择官网。
# 国内镜像地址：
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.s
# 官网地址：
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# wget -c 的-c是断点续传的意思
查看最新安装包：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A
- 安装
1. 运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 查看软件license
3. 同意license
4. 选择安装位置
5. 同意conda初始化
6. 重新加载~/.bashrc文件或者重新开shell窗口 (source ~/.bashrc)
7. 设置是否要默认启动base环境（可选）
3. conda基本使用
3.1 配置conda频道
下载conda相当于下单了一台电视，安装conda相当于安装好了电视。配置频道就相当于搜索电视机的频道
Anaconda 镜像使用帮助：https://mirrors4.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/，点击'查看完整列表'。
- 如何添加频道呢？(推荐使用北外的)
conda config --add channels <URL>
- 找到需要添加的频道
- 鼠标移动到文字上， 当光标变成手指形状时，点击右键
- 在右键菜单栏里选择“复制链接地址”
- 用上述命令添加conda的频道
北外镜像频道：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes #安装的时候显示链接来源，方便debug
清华镜像频道：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
官方频道：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes
tips1： 不要重复添加相同的频道，冗余的频道会让安装软件的过程变慢顺序是有意义的。（如果添加一个已经添加过的频道，conda会把这一频道的优先级提前（moving to the top））
tips2： 添加镜像要看服务器所在的位置，不是使用者所在的位置。
tips3：频道是有优先级的，先添加的频道会到最下面（即后添加的频道优先级更高）。下载时优先搜索优先级更高的。
tips4：查看已添加的频道conda config --get channels conda config --show channels
现在提供anaconda镜像的国内大学镜像站点
• 清华大学：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda
• 北京外国语大学：https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/
• 南京大学：https://mirrors.nju.edu.cn/anaconda/
• 上海交通大学：https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/
• 北京交通大学：https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/
若前面的镜像站点使用时出现问题，可以替换成此页的其他镜像站点搜教程时可能会出现“中科大conda镜像”但中科大镜像现已重定向至北外镜像。
3.2 创建独立环境
# 创建名为rna的conda小环境；-n： 指定环境名称
conda create -n rna
# 启动rna这个conda小环境
conda activate rna
# 退出rna这个conda小环境
conda deactivate
# 列出已存在的小环境
conda env list
conda info --env
# 创建环境的时候可以直接安装软件
conda create -n rna fastqc fastp
# 创建环境时也可以预先指定环境的依赖版本
conda create -n py2 python=2.7
# 删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rna --all
# 如何重命名一个小环境呢？先克隆一个新的，再删除掉旧的
conda create -n Python2
conda create -n py2 --clone Python2
conda remove -n Python2 --all
3.3 安装常用软件
转录组
质量控制: fastqc、multiqc、fastp、trimmomatic、cutadapt、trim_galore……
比对&定量: hisat2、bowtie、bowtie2、STAR、salmon、subread（featureCount） ……
无参组装： Trinity哪些软件可以用conda安装呢？
方法1：网站查询
https://anaconda.org/search
https://bioconda.github.io/
方法2：conda search xxx
方法3：关键词搜索安装软件
conda install <SOFTWARE>
conda install -c 频道 包（从指定频道安装）如何判断安装完成?
当出现三个“done”的时候说明软件安装一切正常
指定安装的软件的版本
在不指定版本的情况下，conda 默认安装该软件的最新版。如果要安装旧版本：
1. 先看看有哪些可以安装的版本
conda search fastqc
2. 安装指定版本的软件
conda install fastqc=0.11.7
添加-y参数跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7多个软件可以一起安装
conda install -y multiqc fastp安装时找不到这个包怎么办？
1. 确认conda是否能安装你所需要的软件
2. 确认名字是否打错
3. 确认你要的包在conda中的名称安装了这个软件包但是调用不了的情况
软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的查看conda环境中已安装的软件
基本用法：
查看当前环境所安装的软件：conda list
扩展用法：
1.查看符合正则表达式的软件：conda list fast*
2.查看指定的环境的软件：conda list -n rna删除软件
conda remove fastqc
想要删除特定环境下的特定软件，如何指定
conda remove -n rna fastqc
不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作
同样，-y能够跳过确认执行的步骤升级软件
conda update fastqc
（降级软件只要指定该软件的旧版本就可以了，例如conda install python=2.7）
3.4 conda的常用命令总结
环境管理
conda env list
conda create -n rna
conda activate rna
conda deactivate
软件管理
conda search fastqc
conda install fastqc
conda remove fastqc
conda update fastqc
conda list
更多命令可以查看conda-cheatsheet
4. conda进阶技巧
- 如果使用conda安装软件时遇到以下问题：
• conda下载软件的速度特别慢？
• 一直在处理环境问题？
• 处理环境问题失败？
可以考虑使用mamba：https://github.com/mamba-org/mamba
mamba并没有完全重新把conda重新写一遍，而是加速了其中的一些线速度的步骤。
1. 对conda install进行改造，使其可以并行下载
2. 增加了一些新功能
- 安装mamba
切换到base环境（确保安装在base）
conda activate base
在base环境下安装mamba
conda install mamba
除启动环境外（conda activate rna），所有conda的命令都可以用mamba来代替。
装在base环境中的包在小环境中依然可以调用，因此不需要在每个环境里都安装一遍。
搜索软件
mamba search fastqc
mamba repoquery search fastqc (速度更快)安装软件
mamba install fastqc（mamba可以多线程地安装软件）
5. 软件管理
可以将软件、项目等创建单独的文件夹进行管理
5. RNAseq常用软件安装
# 启动环境
conda activate rna
# 安装转录组分析需要的软件
conda install -y python=3.7.0 sra-tools=2.10.7 fastqc trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon=1.4.0 fastp
# 安装aspera软件
conda install -y -c hcc aspera-cli #不在conda库中，单独安装即可
每个软件要能打印得出帮助文档（例如fastqc -h）才算安装成功，但需要注意的是，安装的软件不一定和调用的软件是同名的。
可能遇到的问题：
-
依赖库文件缺失
libtbb.so.2 -->mamba install tbb=2020.3
libstdc++.so.6 -->mamba install libstdcxx-ng=9.1.0
使用mamba时发生ERROR，可以在用conda试一下。
二、二进制文件安装
二进制文件【binary】安装三步走：
1. 下载
2. 解压
3. 添加到PATH
以HISAT2为例
- 下载：浏览器搜索HISAT2，找到官网，点击download，找到Binary版本，点击链接，选择对应版本，下载到本地（右键复制链接再使用wget -c下载到不是软件，而且速度非常慢）。再传到服务器上。
- 解压：
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
- 添加到PATH：
进入解压的hisat2-2.1.0，使用pwd查看当前路径，将其加入环境变量PATH中。
vim ~.bashrc
#按i进入编辑模式，在最下行输入
export PATH='/hh/biosoft/hisat2-2.1.0:$PATH' #刚刚pwd显示的路径
#写:$PATH是在PATH中添加这一行，不写相当于使用这一句对原有PATH做了替换，原有PATH将不能再使用。
退出vim再重新加载一次bashrc(source ~/.bashrc)
三、源代码安装
源代码【source code】安装
1. 下载
2. 解压
3. 编译三部曲
• configure：检查系统，构建makefile
• make：编译
• make install：安装
4. 添加到PATH
四、java编译的软件
java编译的软件
1. 下载
2. 解压
3. java -jar xxx.jar
