1.Color ranges
-点想要涂色的那个分支出现菜单-colored ranges-creat a new range(创建名称、颜色)
(新建之后后续若想使用同色可直接选用,不必重建新颜色)
颜色可涂label,clade,full
2.Branch styles
点分支出现菜单-Branches-this node或whole clade 功能:可改线条颜色、粗细(width factor)、实虚线(line)
此处改的粗细是在整个线条粗细的基础上的。刚刚标签的设置按钮-basic-Branch options框里的line style可改整个线条粗细
3、Label
功能:设置单个标签(基因名称的位置)字体颜色、背景颜色、字体大小(字体大小是在所有字体的大小基础之上的,也就是说单个可以设的比所有字体大)、加粗、斜体
可whole clade或this node
this node 只在非collapse状态下可编辑
collapse clade:
若点菜单-collapse clade之后:可编辑this node 新建新的node(this node-edit node)
整个设置里的collapse clade选项可编辑所有collapse clade的lable的粗细大小等mamual
annotation tools:
注意:必须在快结束才能使用这个功能,因为它不会随着树的放大缩小移动位置
功能:可画圈等等
点fill 中的右边那个可改成empty(无填充)
4、Using annotation templates
来自生信小王子的例子(https://zhuanlan.zhihu.com/p/42438544)
批量操作
本文以修改进化树的颜色为例:
# 修改类型TREE_COLORS
#分隔符类型(此处为逗号分隔,也可以使用TAB或者空格分隔,具体查看官方文档)SEPARATOR COMMADATA
# 修改标签颜色
NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal为普通,bold为加粗,italic为斜体,bold-italic为加粗并且斜体),label_size
# 例如,我想修改标签NU_1008为蓝色,且加粗字体,字体大小为2NU_1008,label,#0000ff,bold,
2# 为标签添加背景色
NODE_ID,range,COLOR
# 例如,我想为标签NU_1008添加淡紫色背景
NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)
# 例如,我想为NU_1008至NU_1018之间的标签添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)
# 修改分支颜色
NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal为实线,dashed为虚线),branch_size
# 例如,我想修改标签为NU_1008的分支为蓝色,且把分支设置成宽为2的虚线NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2