iTOL的使用(上)


1.Color ranges

-点想要涂色的那个分支出现菜单-colored ranges-creat a new range(创建名称、颜色)

(新建之后后续若想使用同色可直接选用,不必重建新颜色)

颜色可涂label,clade,full


涂色


boder(框)有无,线条粗细及颜色


保存:可将此框拖到中间保存
colored range legend(标签):点左边两个可出现右边效果(可在小框框改title和range名,若想重新排序图标位置,可直接拖拽。点右边的设置可改颜色和名称,然后保存)

2.Branch styles

点分支出现菜单-Branches-this node或whole clade       功能:可改线条颜色、粗细(width factor)、实虚线(line)

此处改的粗细是在整个线条粗细的基础上的。刚刚标签的设置按钮-basic-Branch options框里的line style可改整个线条粗细

3、Label

功能:设置单个标签(基因名称的位置)字体颜色、背景颜色、字体大小(字体大小是在所有字体的大小基础之上的,也就是说单个可以设的比所有字体大)、加粗、斜体

可whole clade或this node

this node 只在非collapse状态下可编辑

collapse clade:

collapse(封闭) clade后的样子

若点菜单-collapse clade之后:可编辑this node 新建新的node(this node-edit node)

整个设置里的collapse clade选项可编辑所有collapse clade的lable的粗细大小等mamual 

annotation tools:

注意:必须在快结束才能使用这个功能,因为它不会随着树的放大缩小移动位置

功能:可画圈等等

点fill 中的右边那个可改成empty(无填充)


annotation tools

4、Using annotation templates

来自生信小王子的例子(https://zhuanlan.zhihu.com/p/42438544

批量操作

本文以修改进化树的颜色为例:

# 修改类型TREE_COLORS

#分隔符类型(此处为逗号分隔,也可以使用TAB或者空格分隔,具体查看官方文档)SEPARATOR COMMADATA

# 修改标签颜色

NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal为普通,bold为加粗,italic为斜体,bold-italic为加粗并且斜体),label_size

# 例如,我想修改标签NU_1008为蓝色,且加粗字体,字体大小为2NU_1008,label,#0000ff,bold,

2# 为标签添加背景色

NODE_ID,range,COLOR

# 例如,我想为标签NU_1008添加淡紫色背景

NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)

# 例如,我想为NU_1008至NU_1018之间的标签添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)

# 修改分支颜色

NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal为实线,dashed为虚线),branch_size

# 例如,我想修改标签为NU_1008的分支为蓝色,且把分支设置成宽为2的虚线NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2


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