正当汉城的朝鲜官员建议明朝守将弃城逃跑的时候，全部日军却悄悄地退回了朝鲜半岛南岸。按照丰臣秀吉的战略，为实现朝鲜领地永久化，所有在日的部队都开始了筑城。汉城守将连连感谢老天，但由于不明日军虚实也未敢贸然追击。1597年10月8日，李舜臣率领12艘战船回到了全罗右水营，但此处已被日军完全破坏。李舜臣不得不将水军基地移至莞岛郡的古今岛，在此重建朝鲜水军。之后长达一年多的时间内，朝鲜水军未能出动参与任何作战。
得知日军在疯狂地修筑城池，明、朝联军大惊，迅速集结可以出动的所有兵力，准备对正在修建的蔚山城发动进攻。1597年12月22日，明、朝联军来到了庆尚道的蔚山城，明军由杨镐、麻贵统帅4万4千400人，朝军由权粟统帅1万2千500人，合计5万6千900人。负责筑城的日军大将毛利秀元这时正走在去釜山的路上，而且心情十分高兴，因为大概还有40天城池就可以完工了。按照丰臣秀吉的指示，修完城后他就可以回国了，所以其正在把多余的武器和兵粮运回釜山。加藤清正也因为前往西生浦出差，没在蔚山城中。首先接战的日军将领是在蔚山城外驻防的浅野幸长、太田一吉，两人遭到了明军先锋摆寨指挥的1000轻骑的突袭。日军慌乱过后，摆寨假装后退，浅野幸长、太田一吉率军紧追不放，后李如梅、杨登山带人从两旁杀出，三面进攻，日军大败，战死460余人，太田一吉负伤。之后两人败回蔚山城准备坚守城池，兵力大概有1万左右。
得知蔚山城遭到进攻，加藤清正急忙坐战船从西生浦赶了回来，担任守城总指挥。12月23日，明、朝联军攻占了还未建好的外丸，日军660人战死，退回内城防守。12月24日清晨明、朝联军从四面发动进攻，但日本人建造的城池非常适合铁炮队的埋伏，子弹如雨点般密集，联军伤亡惨重被迫撤退。12月25日，杨镐叫来朝军元帅权粟说今天明军需要休整，请朝鲜军单独攻城。权粟无奈只能带领朝鲜军继续攻城，但在日军的弹幕下，死伤多数撤退。12月26日，天降大雨，联军趁着风雨再次从四面发动猛攻，日军的铁炮虽然受风雨影响战斗力大减，但依然抵抗顽强。27日，继续攻城不破。28日，联军准备让士兵冲到城下堆积柴草使用火攻，但士兵们还没冲到城下就纷纷中弹倒地……就这样联军连续数日攻城，都没有取得实质性的进展，反而使自军人数锐减。日军虽然能将联军击退，但天气寒冷和兵粮短缺成为了加藤清正最头疼的问题，“寒冬已至”。城内许多守军因为严寒和饥饿而病倒。29日，加藤清正以交出城池保全日军全体将士性命为条件向联军提出议和。联军遂派出2名降将冈本越后守和田原七左卫门为使者，与加藤清正谈判。清正拒绝了联军开城迎接的条件，但同意交换俘虏。可是浅野幸长怕交换俘虏时联军有诈，出言劝阻，使和谈陷入了僵局。
就在这时，让明、朝联军最担心的事情发生了。1598年1月3日，日方毛利秀元、黑田长政率领的援军到达了蔚山城南方的高地。同时，长宗我部元亲也率领水军赶到了蔚山城附近。联军得知消息后，十分焦急。当晚，明军统帅杨镐和麻贵亲自督战，对阵前逃跑的士兵一律格杀勿论，向蔚山城发动了最后的进攻。但是加藤清正率领的守军得知援军已到，士气大振，用密集交错的火力网封锁住了联军的道路。联军就像白白送死一样，伤亡极大，结果攻城失败。1月4日，杨镐、麻贵见势不妙留摆寨、杨登山、吴推忠、茅国器四人殿后，之后向庆州撤退。作为援军的毛利秀元部将吉川广家身先士卒冲向联军，明军不敌，全军溃败。此时，加藤清正下令打开蔚山城门，一起追击明军。日军总共追击了30余里，就连16岁的小早川秀秋都亲自出马斩杀了许多逃跑中的明军，日军大胜。第一次蔚山城之战，明、朝联军死伤近2万人，日方死亡1120人。明军将领中，游击杨万金、千总麻来、千总周道继、千总李洞宾、把总郭安民、千总王子和、哨总汤文瓒、千总钱应太、张应元、陈观策战死，游击陈寅、游击陈遇冲负伤。
1598年2月，逃回汉城的杨镐和总都督邢玠同谋谎报军情，称明军大胜。神宗皇帝大喜，并称赞其大显国威！但是于6月遭到了邢玠部下丁应泰的揭发，杨镐因欺君之罪遭到罢免。而日军这边虽然战胜，也出现了很大的分歧。以宇喜多秀家、毛利秀元、蜂须贺家政、黑田长政为首的13名将领于1月26日联名向丰臣秀吉上疏，称应该缩小战线，放弃蔚山、顺天、梁山三地。但遭到了小西行长、宗义智、加藤嘉明和立花宗茂等人的反对。两派争论不下。期间丰臣秀吉又收到了监军福原长尧、熊谷直盛、垣见一直的密报称蜂须贺家政、黑田长政见蔚山城被攻击但没来救援，遂对两人不满。特别是蜂须贺家政连续放弃三座城池不战而退，秀吉大怒命其返回领国禁闭。就这样，这三位监军因为揭发有功，得到了丰后国新的领地。之后秀吉身边的文官就开始通过三人不断中伤在朝作战的各个武将。其中的石田三成，更是因此得到了筑后、筑前国的领地，但三成怕众将非议，只能辞去。秀吉没办法，只能先任命其为筑前国名岛城的城主，并成为当地的代官。此事引起了在朝作战诸将的不满，最后导致丰臣文武两派的激斗。随后日军防线上的各个城池分别建造完毕，而且火器配备和兵粮储蓄也在不断增加。为整顿各城的防御体系，除九州大名留守各城外，四国大名、中国大名及小早川秀秋按次序返回国内，并准备于次年以后再行率军前往朝鲜。
1598年3月，已经61岁的丰臣秀吉心血来潮，想与家人一起赏一次樱花。遂命人在京都的醍醐寺修建庭院，将全日本各地的700株樱花移植到这里。3月15日，以丰臣秀赖、北政所（宁宁）、淀殿、阿松（前田利家正室）为首的丰臣氏亲族和诸大名的家眷1300多人，在京都醍醐寺把酒赏樱。醍醐赏花和北野大茶汤是丰臣秀吉的两次惊世之举，彰显了丰臣氏的实力。但是，就像落樱一样，丰臣秀吉从5月后就一病不起。面对只有5岁的丰臣秀赖（阿拾），秀吉心中十分担忧，头发几乎一夜就全白了。终于，秀吉想出了五大老、五奉行的制度来帮助秀赖坐好天下。5月15日，秀吉宣见德川家康、前田利家、宇喜多秀家、毛利辉元、上杉景胜以及浅野长政、石田三成、增田长盛、长束正家、前田玄以10人，并让10人在自己的遗言上按血手印，宣誓遵守遗言上的十一项条例，不许背叛丰臣氏。
五大老：
徳川家康（关东256万石）
前田利家（北陆地方、加贺83万石）
宇喜多秀家（中国地方、备前57万石）
上杉景勝（东北地方、会津120万石）
毛利辉元（中国地方120万石）
五奉行：
司法担当–浅野长政（笔头、甲斐22万石）
行政担当–石田三成（近江佐和山19万石）
土木担当–増田長盛（大和郡山22万石）
财政担当–長束正家（近江水口5万石）
宗教担当–前田玄以（丹波龟山5万石）
众人纷纷答应，并与秀吉商量后事。秀吉称自己死后要成为八幡神，不许烧毁遗体，直接埋葬。7月4日，秀吉知自己大限将至，又把诸大名召集到伏见城，参拜只有5岁的丰臣秀赖，并向其宣誓。同时，指定前田利家为秀赖的监护人。8月18日，继织田信长之后的又一位天下人丰臣秀吉去世，号称太阳之子的日吉丸终于烧尽了自己的能量，辞世句为：“我如朝露，飘渺随梦，大坂叱咤风云，繁华如梦一场。”
丰臣秀吉死后，迎来短暂和平的日本暗潮涌动，一场新的战乱即将开始。更多精彩内容请继续关注《我的微战国》第三卷“征夷大将军”。
