同学你好,你有一艘生信航母待查收

作者:白介素2
某同学:小张小张,我想查一下某某某,你有没有数据库给我用下呀?
我: 我没有关注你这个领域哎,你要不要。。。


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同学:^^^^^^(看来你生信学的也不怎么样嘛,连个数据库都提供不了)。
我:(劳资又不是专门生产数据库的)


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导师:小张啊,你那里有没有什么新的数据库可以用,我们看看能不能丰富一下文章的内容
我: 最近没怎么关注,应该。。。没有吧
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导师:小张啊,是不是最近游戏玩多了,以后要加强学习哈,不能松懈。

我:(数据库那么多,我又不是电脑)


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于是乎,小张苦心孤诣,大干一场,终于找到一艘航母,从此生信数据库资源了然于心。包含各类数据库2458个,内容涵盖,DNA,RNA,蛋白质,基因突变,酶与通路,基因组数据库,免疫相关数据库,微阵列基因表达数据库,细胞器数据库,植物数据库,结构数据库,及分析工具,可谓是应用尽有呀!

广而告之

说一个事,鉴于简书平台在信息传播方面有不足之处,应粉丝要求,白介素2的个人微信平台已经开启,继续聊临床与科研的故事,R语言,数据挖掘,文献阅读等内容。当然也不要期望过高,微信平台目前的定位是作为自己的读书笔记,如果对大家有帮助最好。如果感兴趣, 可以扫码关注下。


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我们就展示下大家感兴趣的微阵列和基因表达数据库吧:
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怎么样,是不是那么多新鲜的面庞,
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原来还有那么多我们不知道的,如果说此前你拥有的是一架战机,那么这一次,你将得到一艘航空母舰。 这艘航母收纳了来自Nucleic Acids Research,BioMed Central 中的数据库资源,还包含Pubmed中筛选出的数据库。
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于是我就从里面随便挑了一个我们熟悉的关于GEO数据库的小公举:GEOmetadb,这是专门有人设计的一个用于更方便的检索GEO数据的小工具啦,虽然咱们还不知道,早就有人用上啦,不要out奥
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然后,你就可以开心的检索啦,简单易学,方便高效:
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当然,这只是一个小工具啦,于是我又在其中找了一个数据库兼工具,Allen Brain Atlas 一个关于脑的基因表达数据库,细胞,组织,小鼠,人类的数据都有奥。
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于是我就是随便找个基因CCL5挖掘了一下:
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虽然我也不知道这些挖掘能干嘛,还是大家各自找自己喜欢的数据库去挖掘吧,在你的航母上去找你喜欢的战斗鸡吧。
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写在最后:
有可能你利用得当,反手就是一批课题。也有可能你知道那么多的数据库暂时你得不到特殊的回报,但是它有可能在将来的某些时候帮上大忙,让你的科研思路豁然开朗,柳暗花明。引用下关东野客的一句话“每个人的气质中,都藏着读过的书,走过的路,爱过的人”。
通过已有的信息,有心的小伙伴肯定能找到航母所在吧?
https://www.hsls.pitt.edu/obrc/

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