GWAS分析-说人话(9)初尝关联分析禁果

前言

OK,这里只是初尝关联分析,有很多参数上的设置,及说明

请参考其他文章(有空会在最下面补上)。


书接上一回(GWAS分析-说人话(4)合并数据),当我们整理好了一个合并后的对照组和实验组数据后,就可以“发动咒语,启动大招了”!

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --noweb --bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol --allow-no-sex --assoc --out sccontrol

说人话:

告诉电脑Plink位置

/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink 

不要检查基于Web的版本

--noweb 

“施法对象”,明显是一个二进制文件(bfile),b格高的文件?b是二进制(binary)啦~

--bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol 

我的数据没有性别数据,不用看性别这一栏

--allow-no-sex 

#法术名称:关联分析!

--assoc 

#输出结果(就是你分析完后,得有个记录啊,分析后的数据要找个地方写下来啊!)

--out sccontrol

结束画面,看到Done 是不是呗爽?我是不会告诉你我一开始没有写--allow-no-sex报错了几次的~

系统自动生成文件

系统相应位置自动生成关联分析文件

好的,结果出来了。大白话就是:小白可能还不知道看哪个结果...

sccontrol.assoc 

有“.assoc”这个后缀的文件就是关联分析结果啦!

好了,怎样看这个文件?

不要告诉我双击就好!(GWAS分析-说人话(3)打开文件

其实重点是,我希望输出这个文件达到双击的目的,怎样做?

其实就是要后续分析啦,不是单纯为了看这个那么low的目的了。

sort -o

sort -o sort1.txt sccontrol.assoc 

获得:sort1.txt 文件(TXT!!!!!是不是很熟悉的面孔啊!)

右键Excel打开就好了~

看到这个P值栏,有没有很感动?!

Excel结果

这里就获得放进R或者python等作图工具的数据啦~

以上!~

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