前言
OK,这里只是初尝关联分析,有很多参数上的设置,及说明
请参考其他文章(有空会在最下面补上)。
书接上一回(GWAS分析-说人话(4)合并数据),当我们整理好了一个合并后的对照组和实验组数据后,就可以“发动咒语,启动大招了”!
/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink --noweb --bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol --allow-no-sex --assoc --out sccontrol
说人话:
告诉电脑Plink位置
/Users/seedson/Downloads/plink_mac_20190617/plink
不要检查基于Web的版本
--noweb
“施法对象”,明显是一个二进制文件(bfile),b格高的文件?b是二进制(binary)啦~
--bfile /Users/seedson/mergefilesclcvscontrol
我的数据没有性别数据,不用看性别这一栏
--allow-no-sex
#法术名称:关联分析!
--assoc
#输出结果(就是你分析完后,得有个记录啊,分析后的数据要找个地方写下来啊!)
--out sccontrol
系统自动生成文件
好的,结果出来了。大白话就是:小白可能还不知道看哪个结果...
sccontrol.assoc
有“.assoc”这个后缀的文件就是关联分析结果啦!
好了,怎样看这个文件?
不要告诉我双击就好!(GWAS分析-说人话(3)打开文件)
其实重点是,我希望输出这个文件达到双击的目的,怎样做?
其实就是要后续分析啦,不是单纯为了看这个那么low的目的了。
sort -o
sort -o sort1.txt sccontrol.assoc
获得:sort1.txt 文件(TXT!!!!!是不是很熟悉的面孔啊!)
右键Excel打开就好了~
看到这个P值栏,有没有很感动?!