所用R包：pheatmap
#pheatmap画热图,TP53基因三个探针的表达量
#重点在于整理数据：
#1，分组信息对应的样本编号annotation-col
#2，所需基因表达量对应的样本编号qq
library(pheatmap)
tp53=as.data.frame(probe_tp53)
colnames(tp53) <- "rowname"
qq=merge(tp53,exp_tab,by="rowname")
qq$rowname
qq=qq[,-1]
rownames(qq) <- c("1939_at","1974_s_at","31618_at" )
library(stringr)
group_list=ifelse(str_detect(aa$Disease,"progres"),"progres","stable")
annotation_col=data.frame(Disease=group_list)#分组信息
rownames(annotation_col)=colnames(qq)#让annotation_col的行名等于qq的列名
pheatmap(qq,
show_colnames =T,#F不显示列名,T为显示
show_rownames = T,#F不显示行名
annotation_col=annotation_col,
scale = "row")
dev.off()
纪念第一次自己整理数据做出来的热图...
