今天给大家分享几种RNA和蛋白互作检测的实验技术，实验方法在这里没有详细描述，只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习，下面我们来看下这几种实验技术。
一、RIP
RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。
简而言之，RIP是在已知蛋白的情况下，利用目标蛋白的抗体，把蛋白和RNA复合物一起沉淀下来，然后经过分离纯化获得结合在复合物上的RNA，最后通过microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。
如下图显示的就是通过RIP技术，获得RNA后，进行的qPCR分析。
二、RNA pull-down
RNA pull-down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验手段之一。RNA pull-down使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。
简而言之，就是已知RNA，去获得未知的RNA结合蛋白的过程。
三、CLIP
Clip(crosslinking-immunprecipitation)染色质免疫沉淀，是一项体内研究RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA与其相应的RNA结合蛋白会在紫外照射下会发生共价结合，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白复合物沉淀之后，回收其中的RNA片段，进行qRT-PCR检测或测序分析。
四、RNA-蛋白FISH（ 免疫荧光原位杂交技术）
用已知的荧光标记单链核酸为探针，按照碱基互补的原则，与待检材料中未知的单链核酸进行异性结合，形成可被检测的杂交双链核酸，然后用目的蛋白抗体与细胞进行孵育，用带荧光标记的二抗孵育检测细胞内RNA和蛋白的表达和互作定位。
如下图，XIST为lncRNA，TAF15为RBP，黄色部分是XIST和TAF15重合部分，可以发现lncRNA XIST与RNA结合蛋白TAF15之间存在着互作。
