由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。
GeneDoc简介
GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式。
GeneDoc下载地址：https://github.com/karlnicholas/GeneDoc。
GeneDoc使用
1.导入多重序列比对结果
GeneDoc可接收多种格式的比对结果文件，如 . fas .msf .aln等格式。这里以 .fas格式（Clustalw比对后导出的fasta格式）为例，具体操作如下图所示：
导入文件后点击 Done ，导入后的界面如下图所示：
2.美化设置
点击Project → Configure 弹出配置界面，这里可以对氨基酸的大小，每行氨基酸的个数、颜色以及显示模式等进行设置。
Configure界面如下：
点击Project → Edit Sequences List，可以修改氨基酸序列的顺序或者修改序列名称。
3.导出
编辑好序列后，下面就是导出图片了。具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。
然后点一下序列，这样就选中了全部的序列，整个背景会变为黑色。
然后再点击 Edit → Copy Select Blocks to → RTF File，即可导出.rtf文件，使用word即可打开该文件。
导出后文件如下：
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