朱元璋政权建立初期时的明军四处征伐，战无不胜，攻无不克，先后击败元军以及元末各路割据豪强，建立了中国历史上最后一个汉人封建王朝。这一时期的明军显然有极高的战斗力，我们来举几个例子，如洪武元年（1368年）明军北伐成功攻占北京，成为中国历史上第一个北伐成功的南方政权；洪武二十一年（1388年），蓝玉率明军在捕鱼儿海（今内蒙古呼伦贝尔市贝尔湖）大破北元主力部队，据《明史》记载：“获其次子地保奴、妃、公主以下百余人，男女七万七千余人，并宝玺、符敕金牌、金银印诸物，马驼牛羊十五万余，焚其甲仗蓄积无算......”但是永乐以后明军的战斗力极速下滑，安南得而复失，四征麓川惨胜，土木堡之变更使明朝面临亡国之危。明军前后表现之差距令人惊讶，朱元璋一手建立的明军军制要为此背锅。
明政权在与元朝以及元末群雄争战期间并没有所谓固定的军制，其军队按照来源区分，有诸将原有之兵（即所谓从征），有元军以及割据群雄失败之后的归附军，有因为获罪而充军的罪人，但最主要的来源依然是是从户籍中抽丁成军，称为籍选（亦即垛集军）。垛集法传承自元代的正军、贴户制，为按人口一家五丁或三丁抽一之原则所征之兵。除此之外还有简拔、投充及收集等其他军制方式，明朝中期以后又有强行使民为军的方式，不过就有明一朝而言卫所制仍然是是最主要的军制方式。
明朝卫所的设立以及军户制度
明朝建立后，明太祖朱元璋仿照宋、元时期的枢密院制度，在中央设大都督府作为最高军事机构。洪武十三年(公元1380年)，朱元璋在废丞相制、升格六部的同时，又把大都督府分为左、右、前、后、中五军都督府，每府设左右都督和都督同知各一人，都督佥事若干人。五军都督府的主要职责是分领在京各卫所和在外各都指挥使司(简称都司)卫军。各都督府互不相属，都只与兵部联系，五军都督府与兵部分掌兵权，“兵部有出兵之令，而无统兵之权；五军有统兵之权，而无出兵之令。”(《春明梦余录·兵部》)两个机构互相牵制，便于皇帝操纵和控制。
明朝的卫所制度最早由前元朝户部尚书张昶于大明中书省参知政事任内提出。明洪武十七年（1384年）开始在全国的各军事要地设立军卫，据《明史》（卷128）《刘基传》：“太祖即皇帝位，基奏立军卫法。”《明史》（卷90）：“初，洪武二十六年定天下都司卫所，共计都司十有七，留守司一，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。及成祖在位二十余年，多所增改。其后措置不一，今区别其名于左，以资考镜。”具体为一郡者设所，连郡者设卫，大约以五千六百人为一卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所。所设总旗二，小旗十，大小联比成军，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事调发从征，无事则还归卫所。可以看出这套军制的实行必须依赖可靠的户籍制度。
在这种制度下，军队主要来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需，其目标在养兵而不耗国家财力。而军户即户籍种类属军籍之户（明朝为控制人口流动而有严格的户籍制度，依《明史》〈食货志〉“户口”记载：“凡户三等，曰民、曰军、曰匠。民有儒，有医，有阴阳。军有校尉，有力士，弓、铺兵。匠有厨役、裁缝、马、船之类。濒海有盐、灶，寺有僧，观有道士。毕以其业着籍，人户以籍为断。”），在明代除非成为兵部尚书，否则家族内的男丁要世代从军。
朱元璋为何要以卫所制作为明朝主要军制呢？
明代的卫所兵制是朱元璋在吸取中国历史上的屯田经验后提出的，它参照了隋唐以来的“府兵制”思想，初衷是创建一种“寓兵于农，守屯结合”的建军制度，朱元璋曾夸口说：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”我们可以从《明史》〈兵志〉中发现：“明以武功定天下，革元旧制，自京师达于郡县，皆立卫所，外统之都司 ，内统于五军都督府，而十三卫为天子亲军者不与焉。征伐，则命将充总兵官，调卫所军领之。既旋，则将上所佩印，官军皆回卫所。盖得唐府兵遗意”
明朝军户的主要义务包括出一丁男赴卫所作正军，正军以外的子弟称作余丁或军余，至少要出一名余丁随行正军赴卫所以给养其生活。军户承担了义务兵役以及给养正军的劳役，故由国家授予田地，且免除正军、在营余丁及在原籍一丁的差役，以保障军户生活并供给正军。
卫所制度的崩坏与明军的腐化
朱元璋创建这套军制的初衷很好，这也是明代对于民户“三十税一”的底气所在，然而这种低税负完全建立在对军户的剥削之上，军户以自身劳动力承担了几乎全部的军队消耗。建文帝以及永乐削藩之后，洪武年间建立的作为配套措施的“藩王及公侯监军制度”被破坏，而新的制度一直没有完善，军户的负担日益加重、生活水平愈加低落。
随着时间的发展军户的权益日益被侵犯，明宣宗以后卫所将官侵占军屯田地、私役军士耕种之事已属常见，军人生活水准及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军户制也因此逐渐废驰。正统六年（1441），兵部尚书王骥奏称，贵州二十卫所屯田、池塘共九十五万七千六百余亩“良田为官豪所占”，“贫穷军士无寸地可耕”。正统九年（1444），大宁都司官军都指挥佥事田礼等“侵占屯地四千一百二十七顷有奇，递年不输子粒”。弘治年间，陕西榆林地区管屯官“侵夺屯田，隐占为业，祖孙相继，盘踞自如，凡应纳屯粮，悉置诸度外，其余官舍，彼此效尤，用强霸耕，不纳子粒，往往均摊于诸卫，或捐月粮扣补，或变家产包赔”，“富豪者种无粮之地，贫弱者输无地之粮”。
一般正军身死，即以户中壮丁补充，但由于军户生活困苦导致逃兵甚多，洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者计47986人。正统三年（1438年），逃亡官军达1633664人，因此明朝廷开始以募兵补充兵力不足，据《明史·兵志》载：“正统二年，始募所在军余、民壮愿自效者，陕西得四千二百人。”
军人的逃亡除了生活上的因素外，还与其社会地位的日渐低落有关。明朝初年因为战事需求，所以比较较重视军人，其后承平日久导致军人地位大为降低，再加上以罪犯充军，使得军人的形象更为低下。关于明朝军人的社会地位可在利玛窦的《16世纪的中国》中所见：“在这个国家中，也许没有哪个阶层比这些士兵更为卑贱和懒散了……平时，他们抬轿、喂马，像奴仆一样受人役使。”
嘉靖年间边患严重，朝廷大举采取募兵制，募兵不同于卫所军，不世袭。但募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，内阁必须将兵权下放于将领，朝廷无法完全掌控募兵制制度下的兵权，有利于巩固中央集权的国家军队逐渐转变成为了分散中央集权、军队从属于个别军官的子弟兵势力。募兵制下的军队成为明朝后期主要的作战部队，而其中有名的有戚继光召募的以浙江人为主的戚家军，李如松的私人部队辽东铁骑以及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑等。而此时的卫所制已完全崩坏，一些卫所的逃亡军士已达其总数的80％，边地驻军只剩下一半。
军户制度见证了明军的强盛，也经历了明朝的荣辱衰亡，卫所制下底层军户无论生活压力，或战事兵役都遭遇压迫，终究难以避免历朝历代兵制的轮回。明朝初年举国卫所军270万，不费百姓一粒米，但最终仍如王船山评断府兵制之言：“府兵者犹之无兵也。”
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