完成基因组后,需上传数据,比如到NCBI,这一步可以选择Aspera进行操作
上传基因组或者原始数据一般流程如下
1、 注册NCBI账号
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/,点击“ Register for a NCBI account”,进入到注册页面,如实填写信息。(尽量使用项目提交人的信息进行注册)
2、创建BioProject
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/bioproject/,在界面上选择 new submission ,依次填写SUBMITTER、PROJECT TYPE、TARGET、GENERAL INFO等信息,后面的BIOSAMPLE和PUBLICATIONS两个界面可以不写相关信息,都直接点Continue,进入OVERVIEW界面。如果有问题可返回修改,没问题的话即可点击submit提交。
创建成功后,再次进入该网址,会出现BioProject编号,以PRJNA开头,可放在文章中。(注册人的邮箱会收到相关邮件)
3、创建BioSample
https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/biosample/,在界面选择 new submission。大致提交过程如下截图所示,最终提交完成后,每个样本会有一个样本编号,以SAMN开头,用于后面提交原始数据。
4、上传基因组数据
使用aspera
- 下载
点击此处去下载
tar -xf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar
./aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh
根据提交提示,下载key file,并进行上传数据,上传命令根据提示即可
需要注意,将-i 参数后到内容替换key file;
-d 参数后添加需要上传到文件,
完成以后,点击select preload folder即可,如果没看到上传内容,稍等刷新即可。