建立数据库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl -out dbname
参数说明:
-in:待格式化的序列文件
-dbtype:数据库类型,prot或nucl
-out:数据库名
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
建立数据库
makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl -out dbname
参数说明:
-in:待格式化的序列文件
-dbtype:数据库类型,prot或nucl
-out:数据库名
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4