由上述宇宙论和人生论的关系可见一个哲学家的思想是整体的。凡是真正的哲学系统，都像枝繁叶茂的大树，其中的各个部分，都是首尾贯彻，打成一片的。就一棵树有枝叶跟干各个部分，它自身就是一个整体。威廉詹姆士说哲学家各有自己的见解，又都以见解为根本意思，适用于各个方面；适用范围越广，系统越大。
孔子曰:“吾道一以贯之”。(译：我讲的道理是由一个基本思想贯彻始终的。)其实各大哲学系统，都是用一个宗旨（即基本思想）贯彻首尾。
黄梨洲曰:大凡学有宗旨，是其人之得力处，亦是学者入门处。天下之义理无穷，苟非定以一二字，如何约之使其在我？故讲学而无宗旨，即有嘉言，是无头绪之乱丝也。学者而不能得其人之宗旨，即读其书，亦犹张骞初至大夏，不能得月氏要领也。
（译：大凡学问都是有宗旨的，这是使人得益的地方，也是学习的人入门的地方。天下的学问是无穷的，绝不是用一两个字能限定，怎样让它能为我所用呢？所以说，学问没有宗旨，讲的再好，也是没有头绪的乱丝。学习的人不能获得（老师）的宗旨，读书也像张骞初次赴大夏无功而返）
杜牧之曰:丸之走盘，不可尽知；其必可知者，知是丸不能出于盘也。夫宗旨亦若是而已矣。
（杜牧之说，小丸子在圆盘里行走，不知道全部情况，它必定知道的情况，就是丸不能走出圆盘。宗旨也是这样。（注：学问为盘，宗旨为丸？））
中国哲学家中，荀子善于批评哲学。荀子认为哲学家都有自己的见解；所以说：“慎子有见于后，无见于先。老子有见于拙，无见于信。墨子有见于齐，无见于畸，宋子有见于少，无见于多。”
（译：慎子在对在后服从的一面有所认识，但对于先前引导的部分却没有认识；老子对委屈忍让的一面有所认识，但对积极进取的一面却没有认识；墨子对等量齐观的部分有所认识，却对等级差别没有认识；宋子对清心寡欲有所认识，对众多欲望却没有认识。）
荀子又认为哲学家都有都有不全面的地方。“墨子蔽于用而不知文，宋子蔽于欲而不知得，慎子蔽于法而不知贤，申子蔽于势而不知智，惠子蔽于辞而不知实，庄子蔽于天而不知人。”
（译文：墨子蒙蔽于只注重实用而不注重文饰，宋子蒙蔽于只见人有寡欲的部分而不知人有贪得的一面，慎子蒙蔽于只求法治而不知任人以贤，申子蒙蔽于只知权势的作用而不知才智的作用，惠子蒙蔽于只务名辩而不求实际，庄子蒙蔽于只知自然之力而不知人的力量。）
威廉詹姆士说，如果宇宙的一方面引起一个哲学家的特别注意，他就会执此一端，以概括全面。所以哲学家之所以有被蒙蔽的地方，正是因为他的所见。因此，大哲学家的思想，不但是整个的，而且每个人都有其特别强调的部分。
中国哲学家的书，很少有精心编撰、收尾贯串，所以很多人说中国哲学是没有系统的。上文引用近代人所说”吾国哲学略于方法组织”，也是指这一点。
系统有两个方面，即形式上的系统和是实质上的系统。这两者并没有连带的关系。中国哲学家的哲学，虽然没有形式上的系统，但如果说中国哲学家的哲学没有实质上的系统，等同于说中国哲学家的哲学不是哲学，中国没有哲学。
形式上的系统，希腊的古哲学也是没有的。苏格拉底本来就没有写书，柏拉图的著作，采用的是对话体。亚里士多德对于各问题都有条理清晰的论文讨论。按形式上的系统说，亚里士多德的哲学，比较有系统。但在是指上，柏拉图的哲学也同样有系统。依据上述所说，一个哲学家的哲学，如果可以称之为哲学，那么必须有实质性的系统。
所谓哲学的系统，就是一个哲学的实质性系统。中国哲学家哲学形式上的系统，虽然不如西方哲学家，但实质上的系统，是同样有的。讲哲学史其中之一的药店，就是要在形式上没有哲学系统的哲学当中，找出实质系统。
