Linux的软件管家Minicoda.png
Linux环境下的软件安装
学习内容
- conda=“linux的应用商店”
- 服务器下载conda/miniconda
- 安装和配置miniconda
- 使用miniconda管理软件
- conda环境
1. 准备
- 查看是否有bzip2这个压缩软件
- 安装bzip2命令行：yum install -y bzip2
2. 下载Miniconda
- 命令getconf LONG_BIT查看服务器位数
- 搜索Miniconda，找到官网Linux Python（最新版）正交的miniconda版本，右键复制下载地址。
- 到心仪路径下，wget 粘贴网址
3.安装
- bash 接sh后缀脚本
- 有yes,输yes,无则回车，直到提示谢谢安装
- 激活：source ~/.bashrc
- 输入conda测试，满屏信息则安装成功；若失败，从bash重来
- 添加镜像，下列4行命令
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
5. 使用
- 查看当前所有软件列表 conda list
- 搜索软件 conda search fastqc [eg.数据质控软件fastqc]
- 安装软件 conda install fastqc -y [自动安装fastqc]
- 卸载软件 conda remove fastqc -y
conda 环境
个人理解：等同于R的一个project。类似于同一台电脑上，同时打开了R的不同project调用了R包。在一个project中，通过不同R包的调用组合，达到我们的目的
- 查看当前conda环境 conda info --envs
- 创建环境：建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic，命令如下
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 再次查看conda环境 conda info --envs
- 激活新环境conda activate rna-seq
- 卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载环境conda remove -n rna-seq --all
卸载环境全部软件。先退出该环境，输入conda deactivate!
