DatabaseImmuneCellExpressionData数据集时,出现同一个错误:
> ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData()
snapshotDate(): 2022-04-26
see ?celldex and browseVignettes('celldex') for documentation
loading from cache
错误: failed to load resource
name: EH3488
title: DICE RNA-seq logcounts
reason: 读取链结时发生了错误
重装R并删除了旧的安装包路径也没有解决。经过一番研究后发现这个主要和ExperimentHub中的缓存记录有关。我之前下载过,可这个数据集实在是太难下了,中间断过好几次,可能那时的记录就出问题了吧。
解决办法:
#查看ExperimentHub缓存位置
>library(ExperimentHub)
>tools::R_user_dir("ExperimentHub", which="cache")
#[1] "/Users/*/Library/Caches/org.R-project.R/R/ExperimentHub"
#终端删除/Users/*/Library/Caches/org.R-project.R/R/ExperimentHub下面的所有文件(实在不想一个个文件确定了)
再次运行
> ref <- DatabaseImmuneCellExpressionData()
没有报错。虽然还和以前一样下载很慢。
顺手把这个数据集保存一下,以后就不用这么费劲下载了。
>save(ref, file = 'DatabaseImmuneCellExpressionData.Rdata')
关于ExperimentHub,还是值得再研究一下的。
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ExperimentHub/inst/doc/ExperimentHub.html