这种利用查阅文献和生信数据挖掘找课题的思路值得学习

分享一种利用查阅文献和生信数据挖掘找课题的思路。例如我们想研究lncRNA,我们可以到pubmed上找一些lncRNA相关的文献看看。通过查看文献发现LINC00284在乳腺癌、肝癌、卵巢癌发生发展过程中发挥着重要的生物学功能,但是LINC00284在甲状腺癌是否有这些生物学功能?目前没有人研究过,仍然是不清楚的,值得研究。假设我们的研究方向是甲状腺癌,于是课题就初步找到了,也就是研究LINC00284对甲状腺癌发生发展的影响。

为了减少成本和风险,我们可以先利用TCGA、GEO数据挖掘的方法分析一下LINC00284在甲状腺癌的表达是否异常(VS normal),发现是高表达,然后结合临床数据分析一下对预后的影响,发现表达量越高预后越差。

光靠数据挖掘的分析,结果不一定可信。这时候就需要收集临床样本进行PCR验证表达是否跟数据挖掘的一致,如果一致,就是说明LINC00284在甲状腺癌中是高表达的,值得后续的深入研究,制作研究计划开展相关的工作。

接下就是分析LINC00284对甲状腺癌细胞的增殖、转移、侵袭的影响。


通过上面的分析发现LINC00284促进甲状腺癌细胞的增殖,但是具体是怎么发挥促进作用的呢?作用机制是什么?这个值得探讨。可以尝试经典的ceRNA机制,预测LINC00284下游的miRNA,然后通过实验验证具体调控的miRNA,再通过预测和验证找到该miRNA调控的靶基因,并且进行表达、功能、预后等一系列的分析。

用一张分子作用机制图总结上面的工作:

参考文献:PMID: 34226533

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