用R语言画图和分析数据时,经常要下载很多packages,生物学分析用的package主要就是从CRAN 和Bioconductor进行下载。由于默认会选择国外CRAN 和Bioconductor,链接和下载速度慢,常常会出现加载失败的情况,可以设置使用国内镜像,提高下载速度。
在Rstudio中第一次安装packages时,会自动跳出选择镜像的界面(这个交互很nice!),可以选择清华大学或者中国科学技术大学镜像。这个首次使用的镜像就会被设置为默认镜像。但是!!默认镜像站会出现阶段性问题(突然就不能用了),这就很难受!!
遇到这种情况,有两种解决方法:
1. 安装package时指定镜像
> install.packages("ggpot2",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ ")
缺点:每次安装package都要写镜像站网址(真的很磨人!)
tips:常用镜像
清华大学:http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
中国科学技术大学:http://mirror.bjtu.edu.cn/
兰州大学:http://mirror.lzu.edu.cn/
2. 在rstudio IDE中修改CRAN 的默认镜像
步骤:
1)在rstudio IDE中,Tools——Global options。
2)Global options窗口中,点击右边菜单packages。
3)进入packages management,点击Change(更改下载节点CRAN mirror),选择中国区域内的镜像,再点Apply。
此次问题最终是广州教育镜像解决的,清华大学镜像和中国科学技术大学镜像都失败了--
再遇到这种问题怎么办?答案是:多换几个镜像试试咯!