我比较懒。想花费比较少的时间合并转录组数据。
放一个数据的图片
image.png
- 直接写命令
需求：合并一个文件夹下的所有样本的带ensembl编号的转录本的表达量
for i in `ls *.tab`;do sort -k1,1 $i |grep "ENSSSCG"|awk '!a[$1]++' |cut -f8 > ${i%%.*}.tmp;done #是因为基因ID有重复的一两个，手动找的话比较费时间
paste *.tmp >allsample.tmp
ls *.tab|tr "\n" "\t" |sed "s/.tab//g" >header.tmp
vi header.tmp #手动删掉最后一个空格
cat header.tmp allsample.tmp >allsample.fpkm
rm -f *.tmp
