circRNA研究知多少

circRNAs(Circular RNAs,环状RNA分子)是一类不具有5'末端帽子和3'末端 poly(A) 尾巴、并以共价键形成闭合环形结构的非编码 RNA 分子,在真核生物中广泛存在。circRNA 的功能研究主要集中在发育、组织特异性和疾病研究三个方面,在糖尿病、神经系 统疾病、心血管疾病和癌症等疾病中具有重要的研究价值,是多种疾病的功能生物标志物和治疗靶点,已迅速崛起成为新兴生命科学与医学的研究热点。 

circRNA 的作用机制

1、miRNA 分子海绵

circRNA 含有大量的 miRNA 结合位点,具有 miRNA 海绵作用,进而间接调控 miRNA 下游靶基因的表达。

2、调控基因转录

circRNA 也可以通过与 RNA 结合蛋白的结合来调控蛋白功能,比如通过与转录因子的结合来抑制基因的转录。

3、编码潜能

circRNA 虽然属于非编码 RNA,但是也有少数 circRNA 可以编码多肽,通过该多肽行使调控功能。

案例分析

案例一  circRNA充当miRNA海绵或与RNA结合蛋白结合发挥功能

环状RNA FOXP1通过调节 PKLR的表达来促进胆囊癌的肿瘤进展和Warburg效应[1]

研究通过对GBC及 邻 近 正 常 组 织 的 RNA 进 行 序 列 分 析,发 现 在 GBC 组 织 中, circFOXP1(hsa-circ-0008234)的表达显著上调,与淋巴结转移、TNM 分期进展及预后不良呈正相关。短发夹 RNA 介导的 circFOXP1 基因敲除或外源性表达结合体外实验表明,circFOXP1具有促进 GBC 细胞增殖、迁移、侵袭和抑制细胞凋亡等多种作用。在体内,circFOXP1 促进肿瘤生长。机制上,双荧光素酶报告、RNA 免疫沉淀(RIP)和生物素标记的 RNA pull down 证实,circFOXP1 与 PTBP1 相互作用,PTBP1 可结合肝红细胞丙酮酸激酶(PKLR)的 3'UTR 区和编码区(CDS),以保护 PKLR mRNA 不受衰变。此外, circFOXP1 作为 miR-370 的海绵调节 PKLR,从而促进 GBC 进展中的 Warburg 效应。这些结果表明,circFOXP1 是 GBC 进展和 Warburg 效应的预后生物标志物和关键调节因子,预示了GBC治疗的潜在靶点。

图1 circFOXP1 促进 GBC 进展的作用机制  

案例二 circRNA可翻译

去极化相关的circRNA调节神经基因表达的同时在某些情况下可能作为翻译模板[2]

环状RNA(circRNA)是哺乳动物大脑中一类相对新的,具有高丰度的 RNA 转录本。该研究发现在分化型神经母细胞瘤中表达的 circRNA 在细胞去极化后明显改变,其中 107 个上调,47 个下调;该现象与去极化细胞中的 mRNA(n = 1511)和 miRNA(miRNA) 表达的整体改变相吻合(n = 269),表明 circRNA-miRNA-mRNA 的调控轴参与细胞对神经活动的反应。生信分析证实 circRNA 具有通过与常见的 miRNA 相互作用从而影响 mRNA 表达的能力。高度表达的 circ-EXOC6B 的功能丧失导致许多与 EXOC6B 功能相关过程中大量的 mRNA 表达的改变,提示 circRNA 可以特异性调节与其宿主基因相关的基因。同时发现,尤其是在去极化细胞中,一些 circRNA 与核糖体有关,暗示它们可能被翻译成蛋白质。这些数据支持了circRNA 在修饰与神经元活动相关的基因调控中的作用。

图2 核糖体相关 circRNA分析  

案例三 circRNA作为分子标志物

circRNA的特征可以预测II/III期结肠癌的术后复发[3]

采集20对术后采集的冰冻组织进行 RNA 序列分析,探讨有无复发患者的 circRNA 表达差异。利用临床信息,生成了一个基于四个circRNA的 cirScores 评分,将患者分为高风险组和低风险组。结果发现 cirScores 高的患者比 cirScores 低的患者有更短的无病生存期(DFS) 和总生存期(OS)。功能丧失试验表明,所选的环状 RNA 在结肠癌的进展中起作用。本实验建立的四个基于 circRNA 的分类方式是一个可靠的预测 II/III 期结肠癌患者术后疾病复发的工具,有助于鉴定新的复发特异性分子生物标志物,以期为 II/III 期结肠癌患者提供更好的预后分层和治疗。

图3 文章研究思路

参考文献:

[1] Wang S, Zhang Y, Cai Q, et al.Circular RNA FOXP1 promotes tumor progression and Warburg effect in gallbladder cancer by regulating PKLR expres- sion[J].Molecular Cancer, 2019,18(1):145.

[2] Mahmoudi E, Kiltschewskij D, Fitzsimmons C, et al. Depolarization-Associated CircRNA Regulate Neural Gene Expression and in Some Cases May Function as Templates for Translation[J]. Cell, 2020, 9(1), 25.

[3] Ju HQ , Zhao Q , Wang F, et al. A circRNA signature predicts postoperative recurrence in stage II/III colon cancer[J]. EMBO Mol Med, 2019, 11: e10168.

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,179评论 5 476
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,229评论 2 380
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,032评论 0 336
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,533评论 1 273
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,531评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,539评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,916评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,574评论 0 256
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,813评论 1 296
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,568评论 2 320
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,654评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,354评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,937评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,918评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,152评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,852评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,378评论 2 342

推荐阅读更多精彩内容