2020-08-17 数据下载 记录

不管实验室产不产生数据,我们总有机会下载已发表的数据来分析,记录一下不同数据库下载数据的方式。

随便看一套数据吧

(1)NCBI-GEO DataSets:

选择想要的数据进入SRA Run Selector  勾选需要的SRA数据(SRRXXX)--- Selected ---Accession List --- 生成txt文件

对于这样一个txt文件怎么下载里面的数据呢?

nohup prefetch --option-file  SRR_Acc_List.txt &    #nohup 和&组合是为了在后台运行

这样数据下载到哪里呢?

可以自定义:1.which perfetch    2.cd perfetch所在目录   3.   ./vdb-config -i (可更改路径)

(2)EBI :https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

搜索需要的数据并进入下载页面(点击study)

下载Download report 中的TSV(里面包含fastq和sra两种数据类型的ftp等一些信息)

下载TSV后直接保留fastq_ftp 或者 sra_ftp 列  记:ftp.txt

下载数据:

for i in $(cat ftp.txt)

do

    wget $i

done

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