一天，船长穿上潜水服，独自到深海底漫游。他看到美丽的珊瑚，动人的鱼儿拉着长长的须羽冉冉经过他的身畔。成千上万只鱼中间，他还是看见了返身而去，却又回头频望的那一条。
船长不知不觉尾随而去，一种说不出的熟悉和陌生吸引着。小鱼儿望着他，不能眨眼却似乎眼睛在说话，没有流泪却放佛满个海洋盛不住她的泪水。她只是单单呆住了。除了呆住了，她又能怎样？这位素不相识的生物应该就是传说中的人吧。应该跑吗？遵循生物的本能？还是留下，听从不可捉摸的内心？
小鱼儿没有跑，相反却游向船长，轻轻地用唇对着他的手吹泡泡。我多么不可理喻啊，小鱼儿想，在万千鱼儿中间尚且找不到知己，为何接近他却是我唯一想做的事？
船长惊讶得不敢相信自己的眼睛，造化创造出来的那么不可明状的一只美丽鱼儿在吻着他的手。不怕我抓住你么？船长想。这么脆弱而大胆，多危险啊。他仿佛被小鱼儿莫名的信任催眠了，感动地伸出双手捧着小鱼儿，恍惚间慢慢捧到自己的唇边，那一个吻若有若无，快如闪电，温柔如梦幻。
哎呀，我吓着小鱼儿了吗？我穿着潜水服呢，不会弄伤小鱼儿吧？船长焦急了，却发现小鱼儿仍在原地，而自己的潜水服不见了。神奇的是，胸中多年的块垒竟然也在这一失神恍惚的交接中消失不见了。
小鱼儿留恋地看着船长，等着他再做点什么，决定自己的命运。船长静静地等着小鱼儿，等待她游走，回到属于她的世界里去。他们都没有动。两分钟长如一个世纪，短如一个瞬间，船长忽然一阵气短，没有了潜水服，必须游回水面呼吸空气了。小鱼儿的眼泪与海水融为一体无声无息。等船长呼吸了空气再潜回海底，小鱼儿已经不见了。
小鱼儿希望船长离去的时候表示一点什么，无论是什么表示，哪怕最微弱的语言，动作，表情，让她有机会做一点诠释，她就可以把下一步哪一种命运都接受：做船长船头鱼缸里的一尾金鱼每天看见他的身影。找巫婆要一味药把自己变成一个不会说话的人。或是巫婆的妈妈给的另一副药，可以在船长心甘情愿服下时把他变成一尾鱼。可是船长离去的时候除了回头看她并无任何线索，她无法忍受等待，于是带着漫无止境的思恋转身融进了漫无止境的大海。
小鱼儿又游过无数海底的高山深谷，经过许多雷霆闪电。她知道船长喜欢在哪里捕鱼，哪里游泳，也曾与船长的船在海上不期而遇。有一次，船长在月下跳进海里游泳，小鱼儿远远看见，忽然想起蝴蝶的故事，有一种不可抑止的冲动，想要把船长变成自己的收藏。她不能忍受自己的想象，转身游回了深不可测的海底，一直下沉，下沉，想要沉到最黑暗的尽头。
忽然，前方出现了一条大鲨鱼，黑如夜的颜色，快如闪电，小鱼儿肝胆愈裂，我命休矣！都怪沉浸于情绪，忘记了看路，送自己到鲨鱼嘴边了！
鲨鱼却出人意料地转弯而去，追逐着另一群鱼儿。那一刻，小鱼儿的眼前黑色，白色，彩色交织变幻，好像一出戏剧末尾的悬疑乐章。她想到了一种比较接近真实的可能。船长只是感谢那只美丽鱼儿，用她的温柔靠近让阴暗寒冷的海水变得温暖而阳光。
劫后余生的大海依旧宽广浩荡。小鱼儿悟到：世界是如此复杂艰险，海面，浅海，深海，陆地都是适用不同求生规则的空间。与船长跨越时空的这次相遇，船长的存在，告诉她一种可能性，世间一切诠释都靠她自己，美好，伤感，善良，真诚，还是冷漠，多变，可疑，是万花筒里她愿意看见的光影。放手是多维的选择，存在和相遇是平行空间的必然。小鱼儿终于明白，我们都是故事的主人，命运的主人，是大海的主人，我们都是自由的船长，即使航行在命运的幽暗深谷。
