对于各位小伙伴来说，无论是自己独立进行高通量测序数据分析，还是解读公司的测序结果，一个必须要面对的情况就是高通量测序数据的质量控制，又称Quality Control。照顾到有些不会代码的同学，今天我们不仅将会介绍一个具体软件的使用说明，还会给大家附图解读。希望各位小伙伴多多点赞和关注。
今天我们要推荐的软件是fastp，一个包含了质控，过滤，校正以及预处理的fastq文件处理软件。相比于传统的Fastqc+
Trimmomatic组合，该软件的效率简直更高了有没有？而且自2018年发表后，已经达到了惊人的369次引用。
闲言少叙，我们今天主要介绍两部分。
1. fastp的使用。
1.1下载。
如果下载了conda的同学，可以使用如下命令
conda install -c bioconda fastp
使用源代码安装
# 从github下载
git clone https://github.com/OpenGene/fastp.git# 切换到该文件目录，安装
cd fastp
make
sudo make instal
1.2 使用
单端测序数据，
以下默认该软件添加到了环境变量，如果未添加，请使用绝对路径。
fastp -i input.fq -o output.fq
双端测序数据
fastp -i input.R1.fq -o output.R1.fq -I input.R2.fq -O output.R2.fq
# 如果为了节省空间，可以使用如下命令
fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
#批量处理的情况下，为了防止文件的覆盖，使用如下的命令
ls *_1.fastq | while read id; do "fastp -i $id -o ${id%_*}.1.fastp.fq -I ${id%_*}_2.fastq -O ${id%_*}_2.fastp.fq -h ${id%_*}.html "; done
该软件的常用功能基本上已经介绍完了，其他的例如接头、滑窗处理、过滤短序列、polyG剪切等，感兴趣的小伙伴可以自己查询说明书。
2. 结果解读
该软件的结果文件包括如下四个，分别双端过滤后的两个文件，即过滤后的高质量reads；日志文件，以及html文件。
我们重点看html文件，这是网页版的，更可视化。
结果第一项是summary，可以看到reads长度、重复率等，以及过滤前的reads数目，大小和过滤后的，包括Q30值等重要信息。
接头信息，fastp 软件会自动进行接头信息的处理，特别是对双端数据处理的更好。
重复率
插入片段的评估
fastp还对5个碱基长度的k-mer进行了统计。在k-mer统计表中，背景越深，则表示该k-mer出现频数越多，可能存在异常情况。
过滤后的质量值，分碱基统计，将鼠标放置到特定的线条上即可显示数值。
过滤后的read1碱基含量。
fastp作为最近才出的一个质控，过滤以及修剪软件，可以说功能还是很强大的，今天我们只是简单的介绍了常用的方法，手边有测序数据的同学可以看看自己的数据质量怎么样。欢迎大家留言、评论，以及讨论！
