生信学习小组Day7-康康

学习内容

怎么区分一二三代测序

二代测序大体流程

NGS组学都包括哪些分类

1. 一二三代测序

第一代DNA测序技术Sanger-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术。Sanger法是根据核苷酸某一固定的点开始,随机在某一个特定的碱基处终止,并且在每个碱基后面进行荧光标记,产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列核苷酸,然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测,从而获得可见DNA碱基序列的一种方法。成本高、通量低的传统测序技术不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的要求。

第二代DNA测序技术又称下一代测序技术,是对第一代测序技术的划时代变革的核心。

主要平台有:
  (1) 罗氏454公司的GS FLX sequencer
  (2) Illumina solexa genome analyzer
  (3) ABI公司的SOLiD sequencer

二代测序大幅度提高了测序速度,降低了测序成本,保持了高准确性。缺点是读长短,拼接困难,pcr技术增加了测序的错误率。

第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时,不需要经过PCR扩增,实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术,即单分子实时DNA测序。

第三代测序技术的应用在基因组测序、甲基化研究、突变鉴定(SNP检测)这三个方面上。

2. 二代测序

二代测序.png

3. NGS组学

NGS(下一代测序技术):又称高通量测序,以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用、缩短测序时间的测序技术。

它的应用领域非常广泛

(1)遗传疾病研究:从靶向基因 Panel 到 RNA 表达和非整倍性检测

(2)HLA分型:基因分型 I 级和 II 级位点

(3)癌症研究:从基础到转化,再到临床研究

(4)人类身份鉴定:从基因分型到 STR,再到线粒体 DNA

(5)生殖健康研究:从胚胎移植前检测到先天性缺陷研究

(6)传染病:从病毒到微生物群落

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