生信星球学习小组第37期 day4 chen

Day4 R语言初上手 2020-2-17

思维导图——R语言初上手

1. 了解R和RStudio

1)什么是R?
  • R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
  • 简单来说,R是一门统计计算语言,是一套开源的数据分析解决方案。
2)什么是RStudio?
  • R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。
  • RStudio是免费提供的开源集成开发环境(IDE)。RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。

2. 安装R和Rstudio

step1: 查看你的电脑用户名是中文还是英文

比如任意打开电脑桌面一个文件查看其路径,Desktop的上一级(左边)就是用户名,如果是英文直接进行step 3

step 2: 将中文用户名更改为英文

切记:如果用户名是中文的,那就必须改为英文,否则无法安装Rstudio!

  1. 找到环境变量 ==》2. 修改TEMP和TMP两个 ==》3.重启电脑
    具体见链接👉当Rstudio杠上中文用户名
step 3: 安装R和Rstudio
  • 安装前说明

安装顺序:①R ②RStudio
R是RStudio的基础,必须先安装R,再安装RStudio。
即使只使用RStudio,还是需要事先为计算机安装好R。
RStudio只是辅助你使用R进行编辑的工具,因为它自身并不附带R程序。

3. 初识RStudio

1)熟悉Rstudio的工作界面
来自生信星球
2)设置pakage(清华源)和外观(如字体大小和背景色)
来自企鹅号 - 果子学生信

来自企鹅号 - 果子学生信

4. R语言的基本操作

1)用Rproject管理工作目录

所谓工作目录就是默认的读取和储存位置,也就是说,R语言只能和一个文件夹进行互动,这个文件夹非常重要,做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑,找不到。

查看这一篇,养成好习惯👉R-project管理多个R工作目录

2)显示文件列表

打命令时不跟路径会显示哪里?
—— 显示默认路径,也就是工作目录。
dir()list.files()相当于linux的ls。

3)加减乘除

试试输入 3+4 回车
再试试 3-4, 3*4, 3/4, 3^4, sqrt(9), abs(-2), log2(8)

4)赋值

赋值符号用<-,这是小于号加上减号,也可以按Alt加上减号
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x, 赋值后,x会显示在右上角的框,Environment里的Value列表里
直接输入x 回车,就会把x的值(3)打印到控制台上,前面的那个[1]是结果的第一个,不用管他。

赋值
5)删除变量

rm(变量名) #清空某个变量
rm(list = ls()) #清空所有变量
代码可以复制,更推荐用键盘上q前面的那个tab键补齐

6)列出历史命令

history() 相当于鼠标单击右上角的history标签
双击某个命令时,该命令就会跳到控制台的大于号后面了,可以修改后运行。

7)清空控制台

ctrl+l

4.完成第一个R做的图

  • plot()函数是R中基本的画x-y两个变量的函数,其用法如下为:plot(x, y, ...) (plot函数基础知识)
  • rnorm()函数产生一系列的随机数,随机数个数,均值和标准差都可以设定。
    rnorm(50) #产生50个服从正态分布的随机数
    rnorm(100,3,4) #产生100个均值是3,标准差为4的随机数
    (rnorm函数)
  • runif()函数用于生成从0到1区间范围内的服从正态分布的随机数
    👉试试输入plot(rnorm(50))👇

plot(rnorm(50))

👉尝试箱线图
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))👇
箱线图

注意:
1.【英文输入法下输入命令行中的符号】
2.【所有自己的重要文件请保持云备份的习惯:坚果云、iCloud云盘都是非常好的双向同步云。重要!】
3.【不清楚某个命令时可以输入 help(命令)

PS:

如果掌握以上内容可以继续学习 R for Data Science 的第一章,系统学习作图。 对照原书看,百度 R for Data Science 第一个结果就是,免费。

References:R与RStudio的安装 (YUENFUNGDATA,简书) 和生信星球公众号

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