在之前的推文中我们分别介绍了如何利用这一套件来进行批量索引查找和GO/KEGG注释文件的格式整理,本推文继续上面的内容,介绍本套件的功能:批量元素的数量统计。
一功能开发
对于许多生信小白而言,在做这种分析时,常常会遇到下面这种情形。需要统计各个途径包含的基因数量,并以此为基础,绘制饼图,条形图等等。
那么,这里需要的就是使用我们的Multi-omics Hammer软件来进行操作啦
二 软件调用
开头第一步,也是最重要的一步。就是打开我们的Multi-omics Hammer软件(下载地址见文末)。随后,在‘Data process’菜单中点击‘Data process as matrix’选项,弹出对话框(如图1所示)。
随后,我们需要在Format conversion method选择‘[3]file_col_statistics’方法,并将我们的数据文件拖入到‘inputfile’文件对话框中,如图2所示。注意:数据文件仅包括需要用于统计的那一列。
之后,将索引文件拖入index file对话框中,如图3所示。
并且在CMD lines对话框中输入以下指令(程序bug需要,所以在此处需要添加一个无用的东西哈,后面有时间考虑改掉这个bug)。注意:两个字符间以制表符进行间隔。
点击start按钮之后,即可将完成数据分析,如图4所示。
简单两步,即可完成对列中批量元素的统计,从而可以帮助我们快速行进到下一步的数据分析步骤中。
三 惯例小结
其实吧,这个功能非常简单,甚至存在的意义好像也不是特别大。对我而言,仅在少数情况下有用,大部分情况下无用,或者说可替代性太强。但是,考虑到大家做数据分析,可能会面临各种各样奇怪的需求,所以这里我也把这个功能贴出来,说不定哪一天可以帮助大家应急一下。最后,欢迎大家多用Multi-omics Hammer软件,多提宝贵建议。文末是本公众号在其他平台的账户以及本公众号写的两个生信分析辅助软件,也欢迎大家关注并多提意见。
也欢迎大家多关注公众号(见个人介绍)。
Multi-omics Hammer软件地址:https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer
Multi-omics Visual软件地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual