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公元前409年，魏文侯任命吴起为主将，攻克秦国河西地区的临晋、元里并筑城。次年，吴起再次率军攻打秦国，一直打到郑县。而秦国只能退守至洛水，沿河修建防御工事加以防守。在与秦军作战期间，吴起从不自视比普通士卒高人一等，夜晚就睡在不加平整的田埂上，用树叶遮盖身体来躲避霜露的侵袭。加上公元前412年，公子魏击占领的繁庞，魏国占有了秦国全部的河西之地，并在此设立西河郡。经翟璜举荐，由吴起担任首任郡守。
吴起担任西河郡守期间，向子夏学习儒家思想，并改革魏国兵制，创立武卒制。吴起规定凡是能够身着全副甲胄，执12石之弩，背负箭矢50个，荷戈带剑，携三日口粮，在半日内跑完百里者，可入选为武卒，免除其全家的徭役和田宅租税。经过吴起的严格训练，武卒成为魏国的精锐之师。
据《吴子兵法》记载，吴起担任西河郡守期间率兵南征北战，为魏国夺取土地千余里。期间共与诸侯军队大战七十六次，全胜六十四次，其余不分胜负。
公元前396年，魏文侯去世，公子魏击继任魏国国君，是为魏武侯。
魏武侯按照吴起的建议，按功劳大小赏赐有功人员的父母妻子。对于死难将士的家属，则每年派使者慰问，抚恤他们的父母。
公元前389年，秦惠公出兵五十万攻打魏国阴晋。魏国的士卒得知这一消息，尚未得到上级命令，自动穿戴盔甲准备迎敌的士兵数以万计。吴起亲自率领没有立过军功的五万人，外加战车五百乘、骑兵三千大败秦军。
公元前387年，魏武侯以吴起为将，率军讨伐齐国至灵丘。
魏武侯继任国君一年之后，国相李悝去世，武侯任命田文为相，田文死后，公叔痤出任国相之职。公叔痤忌惮吴起才能，恐被其取代相位，于是，公叔痤设计陷害吴起，疏远了吴起和魏武侯的关系，吴起知道魏武侯不再信任自己，于是出逃楚国。
之后吴起又会在楚国有何作为，请关注下集《吴起·入相》
