房地产开发企业在计征土地增值税时，其中一项扣除项目叫作“财政部规定的其他扣除项目”，具体是指对从事房地产开发的纳税人允许按取得土地使用权所支付的金额（以下简称土地成本）和房地产开发成本（以下简称开发成本）之和，加计20%的扣除。现在看来，不管这项二十多年前制定的意在扶持房地产业发展的税收政策是多么的不合时宜，只要它还没有被废止，这里面就有值得研究和注意的问题。
相关政策规定概述
- 《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号，以下简称《暂行条例》）第六条第（五）项规定，计算增值额的扣除项目包括：财政部规定的其他扣除项目。
- 《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号，以下简称《实施细则》）第七条第（六）项明确，《暂行条例》第六条第（五）项所说“财政部规定的其他扣除项目”，是指对从事房地产开发的纳税人可按土地成本和开发成本之和，加计20%的扣除。
当年制定上述政策的初衷，是要鼓励房地产开发，使从事房地产开发的纳税人有一个基本的投资回报，以调动其从事正常房地产开发的积极性。一方面是鼓励，另一方面也要抑制“炒买炒卖”，因此，土地增值税加计扣除政策的适用也有一些限制条件，主要包括：
- 对取得土地或房屋，未进行开发即转让的，在计算其增值额时，不得加计20%扣除；
- 计入房价中向购买方一并收取的代收费用，应作为转让房地产所取得的收入计税，实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计20%扣除的基数；
- 一些地方的土地增值税清算口径规定，房地产开发企业缴纳的部分规费、基金，不得加计扣除，只能视同“与转让房地产有关的税金”予以扣除；还有的地方规定，企业收到的土地出让金返还款，应直接冲减土地成本，当然也就无法享受加计扣除政策。
若干具体情况讨论
从上述基本政策规定可以看出，土地增值税加计扣除政策的适用前提有二：一是主体必须是房地产开发企业；二是必须要有实质性的开发行为。依照这两个前提条件，可以针对以下三种存在问题的具体情况展开讨论。
情况一：取得土地后，仅进行土地一级开发即转让，如何加计扣除？
《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》（国税函发[1995]110号）第六条（二）项明确，对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20%以及在转让环节缴纳的税金。注意，这种情况加计扣除的基数只包括开发成本，而将土地成本排除在外，这条规定因从《暂行条例》和《实施细则》中找不到直接依据而极易被忽视。为什么要这样规定呢？只能理解为仅仅进行土地一级开发还不够，还要求要进入实质性的房地产开发建造阶段。
情况二：整体转让在建工程，如何加计扣除？
对这个问题其实存疑，因为此时项目并未开发完毕，如果沿用上述国税函发[1995]110号文的思路，是不是又只允许对开发成本加计20%扣除呢？还好，实务中全国绝大多数地区的口径是允许按土地成本和开发成本之和，加计20%的扣除，因为，仅仅进行土地一级开发和已经开始进行实质性的房地产开发建设还是有很大区别的。
情况三：房地产开发企业承接在建工程，继续开发完毕后再销售的，如何加计扣除？特别是项目收购款还能不能作为基数加计扣除？
这种情况，对后续发生的开发成本可以加计扣除，基本无争议，实务中分歧较大的问题是对项目收购款还能不能加计扣除？有一种观点认为，对项目收购款不能再加计扣除，因为之前在项目转让时，已经加计扣除过了，所以不予重复加计扣除。这种观点逻辑有问题，因为两次加计扣除是在不同的环节针对不同的纳税主体，一码归一码，不能混为一谈！正常的逻辑思路应该是：购进土地进行开发，可以完整加计扣除；购进已经完成一级开发的土地再开发，也可以完整加计扣除；购进在建工程再开发，就不能完整加计扣除了？就不鼓励、不得享受政策了？道理何在？
加计扣除政策何去何从
出现了争议，还得从根源上找原因。时至今日，中国的房地产市场已经发生了翻天覆地的变化，陈旧的土地增值税税制已经脱离了时代，其过于复杂的计算方法弄得征纳双方都已筋疲力尽，是时候对这个税种进行系统性地反思、研究和修订了。
