去掉水的步骤：
- 在VMD Tk consle中先用
set A [atomselect top "protein or nucleic"]
$A get index
把蛋白质和DNA的index得到，保存为protein_DNA.ind
- 然后在终端中用
./catdcd -o XXX-nonwater.dcd -i /XXX/protein_DNA.ind /XXX/eq2.dcd
-o 是输出，-i 是输入
这就得到没有水的dcd
catdcd是VMD的插件，在Linux版的VMD目录下plugin中有它的最新版，但可能要配置系统环境。我就出现找不到libexpat.so.0的问题。
所以我在VMD官网下载4.0版的catdcd使用。
