微信公众号不但要面对诸多媒体同行的竞争，同时还要应付众多自媒体大咖的阻击，面临着诸多挑战。
1. 推广运营力度不够
从微信公众号大约10%的阅读转化率来推测，很多公众号粉丝数量并不多，有的公众号开通时间长，更新频率高，也不见用户数量显著增长。这跟微信的用户关注方式有关，也体现出微信账号经营方面的不足。
同时部分企业使用微信的目的在于拓展新的营销渠道，利用多种新媒体形式来扩大自身品牌影响力。营销模式的选择上，传统企业爱好广告投放，微博主要采取转发、抽奖等行为获得粉丝关注，微信是强调用户体验，且获取用户关注的难度更大，加上版面过小，营销难度较高。
2.信息同质化严重
在新媒体发展如火如荼的当下，用户面临的问题是信息过载。信息同质化对于新兴的媒介平台而言，是比较严重的问题。
其次，传播形式同质化。公众账号上，很多微信的特色没有被重视，图文组合专题形式进行信息推送，远远不能体现微信作为信息传播平台的优势，也难以维持用户的注意力。另一方面，多数媒体公众账号仅仅完成了信息的搬运工作，并没有与用户形成有效的交流与互动，这在一定程度上增加了公众账号之间的同质化竞争。
3.缺乏用户管理
目前，公众账号最大的弊病在于缺乏互动。用户之间很难互动，这就会导致信息传播过程中很多神评论被忽略，也很难进行二次传播。
企业公众号多采用系统自动回复，尽管运营方便成本低廉，但不符合用户的心理诉求。有一部分企业公众号采用人工回复，需要投入大量人员来维护，但更符合微信人际交流的特性与使用习惯，同时满足了用户的心理需求和信息需求，可以获得更好的用户体验。
