个人所得税的征纳入库主要靠扣缴义务人进行扣缴，按照税收征管法的规定，扣缴义务人是指法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人。扣缴义务人既可以是各种类型的企业，也可以是机关、社会团体、民办非企业单位、部队、学校和其他单位，或者是个体工商户、个人合伙经营者和其他自然人。
根据上述定义，我们不难看出在税务稽查的过程中，我们更加关注以下问题就只有一个，扣缴纳税金额是否有遗漏。
而判断金额是否存在遗漏，主要是指在明细账簿中关注“应付职工薪酬”“管理费用”“销售费用”等科目，进行综合判断。
对于应付职工薪酬，主要核对相关账目和会计记账凭证，查找可能出现的问题，核实职工的工资薪金收入。这个数据属于基准数据，后期要进行稽核比对的。
对于生产成本、销售费用等成本费用类科目，需要认真核查扣缴义务人是否向第三方支付费用，包括但是不限于业务指导费，鉴定费，评审费等等，是否履行了相关的扣缴个人所得税的义务。其中如果在上述成本费用类科目发现了有支付给雇佣员工的其他资金，补贴等，需要判断其中是否已经归集到应付职工薪酬科目，合并扣缴个人所得税，要注意其是否存在遗漏。
在核查完上述科目后，我们需要进行对应交税费——应交个人所得税账户进行核算，价差企业的完税凭证，判断是否已经足额按期缴纳税款。在同一纳税时点时段上，应交税费——应交个人所得税的账户与工资薪金账户的金额勾稽关系是否准确。
