【生信小记2018-07-13】学以致用的小小成就感

从接触计算机之后,大多数学习工作的时候,我们用的最多的就是Office办公软件了,每一篇论文的诞生离不开word文档,每一次汇报离不开ppt,甚至无数的数据也都经过excel得来。学习了一段时间的R,慢慢感受着它的强大,而从学习到应用还是一段很漫长的路,而且是一段披荆斩棘的路。从学习敲代码到练习做项目,还是一条很长的路,而此刻的我感觉已经走了很漫长的一段平路要开始爬坡了。今天就来记录一下这两天一个数据筛选让我学习到的东西,以及为什么开始嫌弃office了。
不得不说,当我第一次拿到转录组差异基因大表时,筛选差异基因我还是用的excel,那时候还佩服excel的if判断挺实用,一句话可以筛一列,以前傻傻做加减号甚至目测晒数据的时代终于过去。学了一段时间R这次拿到新表,我决定用R试一试,不试不知道,一试就爱上了它,虽然这个爱来的也有些不容易。
接触了R也有几个月,不过也都是停留在练习讲义里的代码,照葫芦画瓢的做练习题上。真正要按自己的意愿去做东西时,还是发现无从下手,就像我们学了那么多年英语,遇到一个老外还发现自己不知道怎么张口一样。还好,这是一场开卷考试,不会的我们可以查讲义,问google(来了国外大多数时间我也已经放弃了度娘),还有随时不懂可以请教的小师妹和热心的群友,所以困难一下子小了很多。也在一个下午那小数据组织代码,旧数据测试,最后做自己的数据分析。可能这就是一个简单的生信学习分析路径吧。虽然解决的是很简单的问题,但是还是有那么一丝小小的成就感。
其实我做的事情很简单,就是提取了有注释的est,然后去除了几组TPM全为0的值,然后按一定条件筛选了差异基因,画了一个韦恩图。这一切,office完全可以搞定。比如可以通过excel利用排序和if判断,提取想要的信息和做筛选,这些我都手把手做过,韦恩图ppt画几个圈圈就可以搞定。如今接触了R之后,顿时觉得好嘲笑刚入学的自己,花了好几周傻乎乎的在那眼筛近万个EST,眼睛要瞎一不留神还出错从头来。所以当时师弟说的很有道理,学生信的人要懒一点才好,因为他们才不会愿意花大把的功夫做无聊的重复工作,总会想出办法解决来,那就是用最短的语言来解决重复的工作。如今R就做到了,所以有些时候勤奋是一方面,更多的时候还得用脑子。就像我花了一个下午的功夫,虽然也可以用来完成这个筛选的工作,但是我建立了一套方便自己使用的筛选代码,以后新数据来了只需要做简单的修改,直接点run就OK了,这种付出会觉得很值得。
因为有了excel和R的比较,我也发现了excel的一些问题,比如用以上两者我得到的结果有出入,于是我就在这些出入中找问题,最终发现excel处理的数据是有限的,E-310以上的数据它就工作不了了,而R完全不会有这个问题。作图R更是占优势,如果用ppt做韦恩图,花功夫又low不说,得到的图的质量也很有限。而R一行代码可输出各种格式的韦恩图,而且这行代码还可以反复使用。所以,尝到了甜头,更觉得自己应该好好学习下去。要知难而上,走过最坎坷的这段瓶颈期,期待未来的技术指数增长。

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 201,468评论 5 473
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 84,620评论 2 377
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 148,427评论 0 334
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,160评论 1 272
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,197评论 5 363
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,334评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,775评论 3 393
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,444评论 0 256
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,628评论 1 295
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,459评论 2 317
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,508评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,210评论 3 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,767评论 3 303
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,850评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,076评论 1 258
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 42,627评论 2 348
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,196评论 2 341

推荐阅读更多精彩内容

  • 从小爸妈对我的要求就非常严格,基本上对他们的话就是说一不二。家的旁边就是小学 ,再在向西走差不多五百米就是县一中,...
    蔓草青青阅读 352评论 0 4
  • 曾经有个孩子亲手给自己挖了一个坑,然后义无反顾的跳了进去,开始了他苍白麻木却又不自知的生活。这段生活持续了四五年的...
    老小忙内阅读 618评论 0 0
  • 文/天真老爸 2016,猴年,八零末和九零初的年...
    天真老爸阅读 318评论 0 2