漫画开始，新一被灌药变小。
漫画10-12话，凶手被逮捕后说“是这个小鬼干的”，因为死者是在群马县被发现的，组织也知道这件事，但当时并没有在意（如果大和敢助在此时遇上雪崩就有意思了）。
新版a药研发出来后，组织需要解决明美这个隐患，察觉到明美死期将至的贝姐把录音带交给明美，让她藏好并想办法让雪莉知道录音带的隐藏地点。明美在听完录音带后把里面的重要信息告诉了秀一，并让秀一保护妹妹。
工藤夫妇在得知新一变小后想让儿子到洛杉矶来，在他们的保护下追查组织，优作考虑到新一可能不会跟他们走，扮成暗夜男爵尝试给儿子提醒组织里有他的粉丝。
龙舌兰被误炸身亡后，组织听说小五郎曾提到他们组织的事，感觉事情有点微妙。
山村操出现沉睡推理的现象，组织察觉到沉睡的小五郎和柯南似乎有问题，雪莉逃跑后开始怀疑a药，于是鼓动他观察摄影沉睡的小五郎。
贝姐率先意识到新一变小了，于是前往帝丹高中查看，刚好新一变回来，疑惑的她就选择变装新出医生，当天便实施计划。fbi救出新出医生，茱蒂前往帝丹高中监视贝姐。贝姐也前往帝丹小学查看，只看到了柯南。她知道是解药研发出来了。
公交车，茱蒂监视贝姐，秀一寻找雪莉。贝姐看到灰原，怀疑她是变小的雪莉，于是故意启动炸弹想炸死灰原，但被柯南所救。秀一没有发现灰原，但看到和小新一很像且智力惊人的柯南，想到了短信，把这个情况汇报给詹姆斯。为了柯南的安全，贝姐偷走小五郎的档案资料，让fbi接近小五郎，促使柯南和fbi接触。
有人邀请服部去黄昏之馆，知道乌丸有问题的平藏让静华以学业为由推掉邀请。
柯南对琴酒失败呆在储物柜出来后，秀一看到柯南和灰原在一起，怀疑两人都是变小的。于是让手下偷拍灰原，拍到柯南、灰原和有希子在一起的照片。秀一询问有希子柯南和她以及新一的关系，有希子反问为什么要这么问，秀一讲述明美短信的内容，有希子担心承认后会导致组织发现秀一知道a药的秘密，于是没有承认柯南是新一，秀一也知道不该多问就没有继续追究。
灰原得到录音带，知道解药能摧毁组织的计划，明白贝姐只是为了解药才来追杀她的。
满月篇，担心fbi卧底会坏事的秀一把fbi的计划告诉有希子，有希子担心新一便藏家里等新一过来。有希子把明美短信的内容告诉柯南，为了验证贝姐对a药的态度，柯南还策划了赌命的计划。秀一前往约定的地点，发现卧底果然坏事了，卧底得知秀一前往约定地点，于是匆忙将卡尔瓦多斯灭口。秀一因为不能被组织发现他知道a药能变小，于是匆忙离开让茱蒂善后。柯南怀疑fbi有内奸。
水无为了弟弟寻找小五郎帮助，因为巧合鞋子粘上了窃听器。琴酒在发现窃听器后汇报boss，boss知道大概是柯南干的，为了不暴露他们已经怀疑柯南，于是让琴酒杀小五郎，柯南肯定会前去救场，琴酒是多疑的人，一定会连柯南也杀害，但贝姐阻拦了。组织怀疑贝姐可能知道自己的身份了。小五郎看到对面有人鬼鬼祟祟地离开，然后看到水无的短信，相信了水无的话。看到和水无长得很像的瑛佑，认为他是水无弟弟，于是说欢迎瑛佑来侦探事务所（不过后面看起来一点都不欢迎），并对见过水无的事进行隐瞒（漫画552话）。但后来听说水无和瑛佑血型有点问题，以为自己搞错了，就不再关心瑛佑的情况，不过两人这之后也没再见过面。
茱蒂、秀一和詹姆斯对柯南感兴趣，想与他联手。为了测试柯南的能力，茱蒂、詹姆斯放水让柯南主导计划，秀一为了以防万一也进行行动策划。
在瑛佑初登场时，山村操录像沉睡小五郎只拍了开头，但是大概率拍到瑛佑。组织因为瑛佑的姓和cia间谍一样、长相又和水无一样而感到不妙，于是派fbi内奸前去日本。内奸已经知道水无所在地，为了观察fbi会不会确认水无是卧底并把她送回组织，故意没有把水无所在地告诉琴酒他们。
由于内奸作祟，楠田陆道发现自己暴露。詹姆斯和秀一怀疑那个“猪队友”。夜里，柯南与秀一交流行动计划，以及fbi内是否有内奸的事，在确定大家都怀疑有内奸后，秀一表示自己会去寻找内奸并防止她破坏计划，并把内奸问题告诉了詹姆斯和茱蒂。茱蒂因为卡梅隆言论前后不一致把他当内奸了，结果因为妨碍计划进行被卡梅隆打晕。内奸趁机对茱蒂的手机动了手脚来进行窃听和定位，但被詹姆斯发现，随后秀一和詹姆斯再次对茱蒂的手机动了手脚。水无回组织后，内奸为了避免被发现马上离开了，秀一在看到内奸离开后先让窃听功能失灵，再说出水无身份。最后要进行假死计划时，秀一故意让内奸听到卡梅隆卷入案件的事，然后让手机信号失灵，方便柯南换手机，告诉詹姆斯计划，让詹姆斯到时候记得不要让内奸听到水无身份，以及通知玛丽和世良他的“死讯”，秀吉因为过继到羽田家了，就算不知道秀一死亡也可以被认为是断了原来家庭的关系，加上还要打听羽案的信息，因此秀一单独告诉秀吉他假死的事，但没有告诉他化装成了什么人。詹姆斯在差不多秀一“死亡”的时间报警好让琴酒能催水无快点离开。
在fbi得知秀一可能死亡后，詹姆斯诱导茱蒂用柯南的手机来验证身份，并一同前去验证指纹以保证内奸不会听到水无身份。贝姐根据内奸提供的地址前往查看，认为秀一真的死了。之后詹姆斯弄坏了茱蒂的手机。已经怀疑柯南身份的组织借此机会获取柯南指纹。
死罗神事件中，组织在警方验证假新一时获得新一指纹，确认柯南的真实身份，并怀疑a药解药已经研发出来。由于柯南是目前唯一的男性存活者，他们需要活捉柯南来做实验，但此时柯南已经和fbi混在一起了，不可能像往常一样直接行动，如果弄不好被fbi追到组织据点就麻烦了，而且还得摧毁所有的解药，于是暂时不行动等待时机。
安室透不相信秀一已死，决定出动调查，顺便找到雪莉并保护起来。而rum因为自己在羽案用过手指上涂膜的手法，对用指纹来验证死者身份来确认死讯而感到怀疑，于是采用曾经成功过的手法来验证秀一是否死亡。确定fbi反应看起来的确是认为秀一已死，于是诱导柯南他们前去伦敦破案，并在同时让贝姐和两个跟班给玛丽灌a药。玛丽见到假务武通过询问羽案凶手判断出对方身份，但为了不暴露工藤夫妇直到贝姐在女儿的问题上漏出破绽才拆穿，贝姐通过谎称组织要假扮务武潜入mi6来暗示mi6内无组织内奸、务武身份泄露是在其他地方。在跟班眼里，贝姐在行动中看起来并没有什么异常，组织勉强打消疑虑，而贝姐亲吻玛丽的传闻在组织散开，波本和伊织无我也知道此事。有希子在伦敦想顺便见见玛丽，但玛丽拒绝见面，还询问有希子柯南的事情，有希子用亲属搪塞过去。玛丽明白工藤夫妇知道新一变小，工藤夫妇知道玛丽变小，将此事告诉务武。务武发现自己身边出内奸了，于是回到mi6（回来的时间不明，一般为了避免工藤夫妇暴露不会立即回去）。
随后组织散播阿笠博士有钱的消息，为了避免被怀疑消息是组织散播的，故意说错灰原的年龄，引诱不法分子绑架阿笠博士。随后根据犯人口供得知有可疑男子疑似在保护灰原。
玛丽发现组织已经知道a药的秘密，为了在组织发现自己知道解药作用前拿到解药，不得不隐藏踪迹，因为说过世良会在她没有回去后会离开伦敦，因此可以公开活动。世良提出住秀吉家，被玛丽拒绝了。于是世良替玛丽查看柯南拥有的装备，工藤优作未解决事件中，世良偷偷调了柯南的鞋子，导致鞋子出力过大使柯南受伤，急着回去汇报鞋子和腰带用处的世良看到柯南因为自己受伤，觉得自己是个坏孩子。波本看到世良后很疑惑，因为理论上玛丽应该是变小了，世良会来日本应该是玛丽死亡了。不过组织不知道波本认识世良，不上报也没事。
少年侦探团要去群马县露营，波本为了调查群马县一些他在意的东西而偷看视频。这次露营，山村操遇上世良，组织得知有个姓世良的疑似女性的侦探在柯南身边，有点在意。波本发现雪莉在群马县，非常吃惊，因为那基本上是组织的地盘。秀一见波本发现雪莉的踪迹，于是让有希子问黑田是否有救助雪莉的计划，黑田见有希子知道这个计划，于是告诉波本这次计划有人协助他。于是波本在向贝姐汇报世良身份后，把贝姐会袭击世良的情报报给黑田，黑田将情报汇报给有希子，于是秀一率先救走世良。有希子根据在美国的调查和日本这边的情报，怀疑贝姐的立场，于是向贝姐伸出援手，但以为有希子只是被卷进来的贝姐拒绝了。秀一根据这次波本的行动和公安的一致，确定波本为公安，因为务武这边的情况需要合作，于是尝试让波本接近自己。
波本重新调查秀一，组织很在意，也另派人跟着调查。神社篇，波本根据柯南大惊失色的样子推理出柯南有可能是假死计划的策划者，组织另派的人也发现了（这个人是嫌疑人老人，前面能双手拿钱包后面却没有拐杖站不稳，很可疑，当年还有人怀疑他是rum）。因为组织在医院有卧底就没有派人调查。而医院里，柯南看到波本对零的反应，想到银行抢劫案波本开枪的行为是反而容易暴露自己的，怀疑他可能实际上是公安卧底（光一个零就判断波本身份还是很奇怪的）。
另一方面，组织组织实在是等不及山村操迟迟没有成功录像沉睡的小五郎，加上在意世良，波本又没有汇报过玛丽的情报，于是把其他人变装成山村操前去查看（嫌疑犯是京极真那集），因为贝姐立场有点问题所以并没有让贝姐去变装。此人看到世良的确像秀一，外貌中性，组织认为波本因为没有弄清世良性别而没有上报，不过心里还是有疙瘩。同时在此案中，世良见秀吉对柯南的推理能力很熟悉的样子，一开始怀疑他是不是知道柯南身份，但后来秀吉回复柯南是熟人女儿的同学后放心了。而秀吉以为柯南是新一的熟人，见世良已经见到柯南了，认为她应该通过柯南得到新一的联系方式，于是问她遇到魔法师了吗（其实这里就可以看出秀吉不知道柯南身份，知道的话不会在看到世良发送柯南照片后还问这个问题）。
绯色篇，警视厅内奸在警察身上安装窃听器，导致贝姐安装的被干扰。rum发现波本有强烈的爱国情怀，加上没有汇报过世良情报，怀疑起了波本。另一边，秀一得知安室透对“零”很敏感，觉得可能那真的是他的外号，于是让有希子询问黑田，得到了其真名。柯南与秀一和父母商量后知道波本真的是公安，回想当时他对fbi的态度，认为他是真的想把fbi赶走独自行动，于是秀一还是得先隐瞒冲矢昴的身份，并用安室透的真名牵制住他，让他别冲动，并把手枪给公安让他们从其来源调查。波本在折腾一番后没有上报秀一的消息，rum更加怀疑他了。
rum在发现波身份有问题后，开始怀疑玛丽其实已经接触柯南但波本故意没有上报，a药解药的问题还是有隐患，加上他是no.3的私生子，其他人并不适合调查波本，于是决定亲自上阵。她同时还怀疑水无，也很在意还有没有其他卧底，故意高调宣称自己要出手，如果红方在针对rum行动就可以顺着这个线索找卧底。另外务武在这个时候差不多该回mi6了，她还要弥补羽案的失误，散播自己出动可以让红黑方一起rum特征的人，借此找到务武。
