而在刘彧鼓舞下的刘宋政府军，确实不负所望。
先说东路军。
东路军的主力部队包括：建威将军沈怀明、尚书张永、辅国将军萧道成、建武将军吴喜。在这里面，吴喜带领的机动部队尤为关键。
吴喜本是跟随大将打仗的书佐（文字秘书），此次他受到中书舍人巢尚之的保荐，请求提三百兵去当东路军前锋。刘彧大喜，当即给了他羽林三百，羽林军人基本是世代将门，战斗力非凡，但也需要有好领导者。
吴喜就是这个好领导，他所带领的机动部队，在战场上打法不拘一格，他在其余三路军都在休息筑堡垒，打算打消耗战的时候，他率领的羽林军队已出其不意地绕到其他军队前面，发动闪电战，起营拔寨，闪电般地攻陷了孔觊军大堡垒—吴城，刘彧大喜，赏赐多多。
而刘休仁家将任农夫见到吴喜如此功勋，他也向刘彧要了四百羽林军。任农夫也现学现卖，带领这群哥们猛烈冲击敌军正在修筑军事城堡的庾业军，居然以四百之力成功击退敌军七千，然后成功和吴喜的三百羽林汇合，乘胜东进，继而迅速痛打三吴大城—义兴。
在攻打义兴的时候，吴喜又一次采取了高超战术—疑兵战术。吴喜亲自穿着统帅的衣服，站在城墙上大肆排兵布阵，战鼓声声，梆子滚滚。
义兴的敌军一看、一听，寻思吴喜必然是以多欺少，想包围歼灭我们；然后他们再回头看看他们这点兵，那还搞得鬼赢，于是，这个城的主，在飞毛腿的基础上又加了一对天使翅膀，临敌卖阵，往大海方向飞奔，义兴旋即被收复。
另一方面，刘休若率领的主力部队也学起了吴喜，放弃城防，主动进攻，瞅准敌军所守的晋陵五城联营中那个还尚在维修的一个城池，集中优势兵力，天雷滚滚，三吴晋陵也被攻克。
三大主城市被攻陷，东路军接下来的事情就是砍菜切瓜一般，刘彧大喜，给各位分封赏赐，毫不吝惜，并要求宜将剩勇追穷寇。
小将吴喜升级分区司令，他率领沈怀明、任农夫等一鼓作气东进，并一路秋毫无犯，个月不到，攻破东路军的大本营吴兴。
孔觊大势已去，上虞令王晏也乘势起兵，东西合并攻打叛军，会稽沦陷，孔觊被处死，三吴大定。王晏也得到了该有的奖赏，慢慢步入朝堂。
话说孔觊素有才能，不与百姓争利，与百姓同吃住，灾难时候也不接受单独的灾荒救济，很得民心，治理地方也有自己独到的地方，在地方有“别人清醒三十天，还不如二十九天都醉醺醺的孔觊”，意思就是说，孔觊一个人就可以干完一般人二十九天的活，庞统不过如此。
但孔觊也有风骨、原则的人，一般不与官宦同流合污，对贪污的事情严词拒绝，这样也让他在上层社会虽有名声，但实际结交各路人物的情商欠缺；此次刘彧登基，但孔觊也认为刘彧名不正，所以宁可单独在三吴作战，也不低头合作，不跟进皇帝，又得罪很多士大夫，在地方对官员又严苛，所以朝廷世族、地方县令也不接受他的指挥，甚至还如王晏一般反水，这就导致了他失败的必然，可惜了他的才能，就这么没了。
西路军，战绩平平，只是引诱了寿春投降；后期又任用刘缅为主帅，和被土著挟持的墙头草殷琰对峙良久。但还有一个亮点就是，刘缅也任用了另一个中书舍人戴明宝保荐的步兵教头—黄回，黄回也是带领八百越骑、虎贲，在战场屡立战功，成功地吸引了朝廷的注意，并在收复方面做出了成绩，这不在这个时期内，暂不大表。
现在讲殷孝祖领导的逆江而上的南下部队了，这是摧毁反政府军主力的大部队，配置的战斗力也最强，殷孝祖是先锋，刘休仁为后继。
浔阳方面，刘子勋对刘彧的政府军也排出了自己最有诚意的阵容：两万人的水军大队，迎战殷孝祖的前锋。
殷孝祖是大都督、无敌大前锋，天下军马均可归他调遣，人生巅峰到来，但可惜可惜，他却成了政府军前折煞的第一人，刘休仁的后继水路军队还在路上，他就被刘子勋军乱棍抡死，而致死的直接原因——虚荣和排场。
殷孝祖是属于火线提拔的干部，在投诚以前不过是个太守，他为人好酒色，贪慕虚荣，但有过战斗经验；这次投诚，他赚了大发，猛然当了大官，于是他急不可待地装饰好五彩云盖、花旗战鼓，很精致地放在自己军车之上，不仅如此，他在行军浔阳的过程中，还大摇大摆行走在军队最前，摆谱装腔，无比炫耀，可谓天降神兵。
本人了解到，当时在军队十石以上的弓箭已经普及，更有甚至还有九牛拖运的攻城巨驽，殷孝祖这么招摇的一个目标，刘子勋方面只要找个合适的弓箭手，殷孝祖被击中几率无比之大（后面还有一位名将死法几乎如出一辙）；而事实也是这样的，殷孝祖这个最鼓舞军队士气的人，在还没大战之前就被弓箭一击必杀，部队一半投降刘子勋，政府军大受挫折。
出了这样的事情，军心涣散，眼看这次朝廷出征浔阳就成朝露泡影。
但是，挽救的人还是来了，这人就是杀叔叔、杀战友的沈攸之，他此前出卖宗越等人，被继续留任刘宋朝廷的禁卫军司令，此次也随军出征。
但是不管沈攸之他以前怎么作恶，此刻他的作用，足以抵消以前种种，因为他已经变身成为一个对朝廷有贡献的大军官。
沈攸之以大将身份，放开争议，积极和低级别的将军合作，建议说，大家前往别慌，人家以为我们死了主帅，必定军心乱，肯定会乘虚攻打，我们倒不如出其不意，先攻进去，用杀戮来表达我们战斗的诚意为好，这样我们必定能反败为胜，而我对打仗并不在行，请你们决定进攻，我的军队已在门外，请军佐一起调配我们。
好主意就有天然的诱惑力，而军佐们被沈攸之所感动，他的意见迅速被采纳，而果然，叛军得意洋洋，准备不足，被沈攸之等人得空捅了屁股，损失惨重。
而此时，刘休仁的水军赶到，他也立马调动了三万人部队，马不停蹄地攻打刘子勋的水军驻扎地鹊洲，打败叛军；正好这时，刘休仁的军主张安世也攻占巢湖口和白水口两处要冲，刘子勋军队已经进退无据，水上进攻趋势也转为防守。
顺便说一下朝廷军队的后勤保障事情。
刘子勋叛乱以后，当时有所谓“四方纳贡，均入浔阳”之说，刘子勋粮草不是问题；而刘彧尽管所谓粮食充足，但其实建康因为天下纷乱许久，粮食储备估计只能支撑半年，而军屯体系又破坏，国家粮仓几乎空得叮当响。
但朝廷的世族家里有粮食，可是，粮草从世族那里的借出程序繁琐，况且朝廷军人都去打仗去了，暂时也抽不出几千、几万人去从世族那征收和筹集粮草，就算去了，还要让三路大军等吃等喝，那效率也是极其低下，会被有机可乘的，刘彧如何办？
刘彧学习了祖宗刘邦乱中取胜的宝典—入粟拜爵，就是卖官，用封官许愿与民间卖粮食的人做等价交易，以应对战时之需。
刘彧诏令，无论是百姓、世族，只要纳粮，就有官做，价码如下：2.4万斤小米+5万个五铢钱=边远县令；6万斤小米+15万个五铢钱=一个三品官员，以此类推。
在战争时候，这样的太平期间的狗屎政策却有两点好，一是在朝里无人的时候选拔了一些干部，二是确实有助于充实军实。
但如果连这样还不能满足军队粮饷的话，刘彧只有鼓励军队，鼓足马力，先去抢敌人的粮食，将敌人的粮食作为自己的粮食，这就是历史著名的战术，劫粮草。