MeRIP-Seq流程图如下：
1 数据下载
注意事项：Aspera不能在root权限下安装，必须新增加一个普通用户才安装，一般安装在/home/user/下，安装完成后将下面命令中用户hu（ps：我的用户名）改为自己的就可使用，SRR.txt文件内就是需要下载的SRR号码
prefetch -t ascp -a "/home/hu/.aspera/connect/bin/ascp|/home/hu/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file SRR.txt -o /home/hu
2 提取fastq文件
注意事项：下面这个命令是单端测序提取，本文以单端测序讲解
fastq-dump *.sra
3 质控
fastqc *.fastq
multiqc .
4 删除接头和低质量序列
注意事项：trim_galore输出结果指定到文件夹就可以,-o后不需要定义到文件名，默认参数就可以，也可自己添加，trim_galore使用前需要安装fastqc和cutadapt两个软件。
trim_galore -o /m6a/cleandata IP1_m6aseq_input_single.fastq
trim_galore -o /m6a/cleandata IP1_m6aseq_m6a_single.fastq
5比对
注意事项：-U代表单端测序，本文以单端测序为例
hisat2-build -p 10 hg38.fa hg38 #构建索引
hisat2 -p 10 -x hg38 -U IP1_m6aseq_input_single_trimmed.fq -S IP1_m6aseq_input_single.sam
hisat2 -p 10 -x hg38 -U IP1_m6aseq_m6a_single_trimmed.fq -S IP1_m6aseq_m6a_single.sam
6 sam 转bam，并过滤
注意事项：-q 20代表碱基发生错误率要小于0.001，如果是30代表低于0.001
samtools view -q 20 -h -b -o IP1_m6aseq_input_single.bam -@ 10 IP1_m6aseq_input_single.sam
samtools view -q 20 -h -b -o IP1_m6aseq_m6a_single.bam-@ 10 IP1_m6aseq_m6a_single.sam
7 bam去除PCR重复
sambamba markdup -r IP1_m6aseq_input_single.bam IP1_m6aseq_input_single_rmdup.bam
sambamba markdup -r IP1_m6aseq_m6a_single.bam IP1_m6aseq_m6a_single_rmdup.bam
8 Macs2 call peak
注意事项：-f后BAM代表比对的是bam文件，而且是单端，双端测序为 -f BAMPE
macs2 callpeak -t IP1_m6aseq_m6a_single_rmdup.bam -c IP1_m6aseq_input_single_rmdup.bam -f BAM -g hs --outdir $out_dir -n IP1 -B -q 0.01
