2024-10-24

## 建立索引
odgi build -g  pangenome.gfa  -o pan.smooth.og 
# 提取基因座子图
odgi extract -i  pan.smooth.og -o chr1.pan.RH_locus.og -b chr1.RH_locus.bed -E -P
# gff 转 gtf
gffread -T Sr.gff3 -o Sr.gtf
# 取子图和gtf文件交集
odgi position -i  chr1.pan.RH_locus.og   -E gene.gtf.adj.exon  > color.csv
# og 转 gfa
odgi view -i  chr1.pan.RH_locus.og -g chr1.pan.RH_locus.gfa
接下来把merge.gfa 和color.csv导入到bandage

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2024-10-24

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