1868年明治新政府的成立，并不是简单的取代幕府政权，而是要建立政治统一的新日本国家。政治统一，就是要结束幕府时期各藩国封建割据的局面，主要有两步：版籍奉还和废藩置县。
在戊辰战争中，某些藩国领地被倒幕军占领后，明治政府在占领地区设置了府县，派遣官吏管理。因为战争的结束是倒幕军和德川庆喜和谈而实现的，所以大量藩国领地并不在明治政府管辖中。但是，上有维新派掌权，挟天皇以令藩国，下有支持维新派的下级武士，还有强大的倒幕军队，另外，建立统一的日本也是当时日本人民的强烈要求，因此，在维新派功臣的劝说下，某些识时务的藩主只好主动把藩国版籍奉还明治政府。1869年1月，萨长土肥四藩主联名向政府递交了《版籍奉还上表文》，文称：“天祖肇临开国立基以来， 皇统一系，万世无穷。普天率土，无不为其所有，无不为其臣子，此即大体。”（《明治维新基本文献史料选译》，〈明治维新的再探讨〉，第172页）有了这最强大的四家藩主带头归顺，其他200多家藩主只能纷纷仿效，归还版籍。1869年6月基本结束，各藩主变成了明治政府“任命”的“知藩事”。
为了防止旧藩主们抵制改革，政府高层进行了人事调整，维新派全面掌握实权，建立了新的政府军。1871年7月14日，天皇颁布《废藩置县诏书》，随即出台相应措施：废除府县藩三治制，在全国设东京、大阪、京都3府及302县；所有知藩事的身份待遇不变，但须一律辞职，居家迁居东京；各藩征税权归政府，所有债务也有政府承担；所有府知事和县令都由中央政府派遣。
明治之前的幕府时期，日本社会等级森严。将军、武士是特权统治阶层，中有平民，下有贱民。等级身份是世袭的，将军的后代就是将军身份，上级武士的后代就是上级武士，下级武士的后代就是下级武士，贱民的后代就是贱民身份。官员级别也是按照身份高低布置，将军再无能也可以执掌权力中枢，下级武士本事再大，也进不了决策圈。比如，在1854年，德川家定虽然是个心智不健全的“傻子”，但照样出任幕府的第13代将军。西方文明开始影响日本后，此种伤天害理的封建门阀血统制度受到中下级武士以及平民的强烈反对，这也是幕府垮台的社会原因所在。
中下级维新派武士掌权后，自然不能再容忍门阀制度的存在，在西方平等文明的影响下，开始“四民平等”的改革。1869年6月，发布第542号《布告》，“根据公卿与武家同心、上下协同之精神”，废除公卿、诸侯之称，改称“华族”，并且给予生活保障来稳定这些没落贵族。同年废除中下大夫、士之称呼，改称士族及卒，也保障其生活。1870年9月，宣布农工商为平民，允许平民有姓。1871年1月，废除“秽多”、“非人”等贱民称呼，视为平民。1876年8月，发布《废刀令》，规定除军人、警察外，所有士族不准佩刀。进行了土地改革，解除武士传统的经济基础。
