群体遗传学研究的目的是为了揭示群体遗传结构变化的机制。群体遗传结构，是指群体遗传变异的大小、时空分布模式或格局，它代表一个物种变异水平及模式，包括各地方群体遗传变异的高低、变动幅度以及地方群体间遗传相关性的大小。
1.Hardy-Weinberg法则
1.1 理想群体
- 每个世代群体中所有个体都参与繁殖过程，并将基因传递给下一代群体，每个亲本仅产生一个后代，每对交配亲本产生两个后代，所有世代群体大小保持恒定。
- 群体足够大，群体内某一性别的个体具有完全均等的机会与其相反性别中的任何一个个体进行随机交配。
- 群体内个体间不存在育性和生活力等方面的差异，不同群体间完全隔离，群体内个体没有基因突变发生。
- 无世代重叠，任何世代群体内所有个体同事出生，同时生长发育，同时达到性成熟，同时死亡。即群体年龄结构相同。
1.2Hardy-Weinberg法则应用
1）群体中杂合体频率的估算
由一对等位基因决定的二倍体生物性状，如果知道群体中任一等位基因频率，只要群体处于平衡状态，就可以计算群体中三个基因型频率。例如，知道隐性纯合体频率R，则：
q = sqrt(q^2) = sqrt(R)
2）平衡群体检测
利用共显性标记可确定现实群体中各种基因型频率，从而计算出群体中等位基因频率。如果现实群体处于平衡状态，那么，就通过实测的群体中等位基因频率，按照H-W法则推算出理想群体中基因型期望理论平率。计算实测的群体中基因型数目与基因型数目理论期望值差异，采用X^2检验，就可判断现实群体是否处于平衡。
