《风中有朵雨做的云》讲述了沿海小城因一起建委主任坠楼命案引发出一连串扑朔迷离的浮沉故事。娄烨取名《风中有朵雨做的云》，寓意是：时代是风，欲望如雨，命运成云。
影片中将城中村拆迁，官僚勾结，高官睡坐台小姐，女性被物化等多种元素交织，将残酷的现实搬上了舞台。
2012年，在一场因暴力拆迁引起的混战中，开发区主任唐奕杰忽然坠楼身亡。为什么这么巧合？是意外还是有人刻意为之？小警察杨家栋开始调查案情，一些被刻意隐藏的事实真相也浮出水面。
1980年代末，一表人才的大学风云人物姜紫成，和校花林慧是一对恋人。后来姜紫成远走台湾，已经怀孕的林慧，不得不下嫁老同学唐奕杰。
婚礼那天，她穿着白纱，笑靥如花。大家都喜气洋洋，看起来很喜庆很热闹的样子。可是，在她出门时，栽了个大跟头，这似乎是个不祥的预兆。
婚后，林慧生下女儿小诺。唐奕杰，对林慧又爱又恨，他知道林慧并不爱他，也知道女儿不是他的。为了排解心底的愤恨，他时常对她家暴，还把她送进了精神病院。她像只困兽，在铁门内发疯地反抗，却摆脱不了命运赐予的劫难。
姜紫成从台湾回来的时候，林慧刚从精神病院出院。她揽过他丈夫唐奕杰和情人姜紫成的头，靠在自己肩上。他们都是伤害她最深的人，但是，她却要依靠他们。
姜紫成带着女友连阿云衣锦还乡后，和唐奕杰联手，官商合谋。物质上得到满足后，又开始了情欲上的索求。姜紫成和林慧旧情复燃，唐奕杰和连阿云也睡到了一起，四个人一起上演了一出爱恨情仇的戏码。
这几个人物，每一个人都是孤儿。她们跋涉在艰难的人世，看不到出口，也不能解脱，困在原地，发疯发狂。命运时时鞭笞她们，让她们身不由己，在暗夜里独饮命运早已下好的毒。
在这部电影里，没有一个人物不是戴着面具在生活。他们在不同的环境中，扮演着不同的角色，各自打着自己的小算盘。就连看起来最单纯的小诺，也会在利益的抉择中，杀掉自己的父亲。
一场游戏一场梦，是电影的主题曲，也是整个故事的主题。在梦醒时分，所有人都不过是参加了一场假面舞会，徒留悲伤。
