今天是跟随生信星球的豆豆花花学习的第三天了，进一步接触了linux，虽然笔者昨天也在想这个服务器应该如何安装软件之类的呢？这不，今天就学习了，又是收获满满的一天！！是不是很激动！那咱们开始学习之旅吧~~
首先还是呈上一张今天边操作边学习的思维导图来理清今天学习的思路吧。
认识Miniconda
- 首先让我们先来看一下关于miniconda的定义吧。
Miniconda is a free minimal installer for conda. It is a small, bootstrap version of Anaconda that includes only conda, Python, the packages they depend on, and a small number of other useful packages, including pip, zlib and a few others. Use the conda install command to install 720+ additional conda packages from the Anaconda repository.
-
简单来说，miniconda是一个很方便快捷的软件下载器，作用相当于我们常见的App store，90%以上的软件都能搜到，日常的生信小白使用小而精的miniconda 就足够啦！
来源：微信公众号生信星球 - 上图是三种conda 的适用范围
conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙
miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域
（来源：微信公众号生信星球）
下载Miniconda
既然了解到小而精的miniconda，那如何下载到这个宝藏就成为头等大事啦！
1.谷歌/必应/百度搜索"miniconda 清华"
2.进入网站，选择miniconda的清华镜像可以发现有32-bit和64-bit可选，在linux中输入命令
usname -a查看自己服务器是多少位，然后选择最新版本（latest)复制链接准备进入服务器进行安装
- 笔者选择了如图进行下载，下载链接为：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
3.登录服务器，可以直接进行粘贴刚才的下载链接或者新建一个目录用于安装miniconda，笔者此处先直接在主目录进行安装
- 输入命令：
wget+ 复制的链接 进行下载，下载速度嘛就看各自的网速啦，文件不算很大，应该很快就装好了。 - 关于linux的复制粘贴是有讲究的哦！
「for Windows」请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴；
「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴
（来源：微信公众号生信星球）
- 对于从未接触过linux的小白而言，笔者对于.sh后缀文件是第一次见，经学习后发现其实就相当于我们windows常见的.exe后缀文件，是一个下载的脚本，如果安装失败脚本是不需要重新下载的，还是可以用滴。
安装Miniconda
1.输入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh进入安装过程
2.激活conda
- 先输入命令：
source ~/.bashrc激活conda - 激活之后再输入命令：
conda可以看见满屏的信息就说明激活成功啦！ - 如果出现报错可能是第一步没有
source激活conda，要记得加上那个命令哦。
3.添加镜像
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
大家可以根据自己的需要下载清华或者USTC的镜像。具体代码参考来源生信星球
#以下代码直接命令复制粘贴到服务器就可以啦！
#清华源：命令复制粘贴就可以啦
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ ```
# USTC:
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
开始使用Miniconda
1.先查看当前服务器上安装的所有软件列表：conda list
2.搜索conda的软件
conda search fastqc(学习小组中豆豆花花以数据质控软件fastqc为例）
3.安装fastqc的命令
conda install fastqc -y（-y是yes的意思，默认在安装过程conda问的问题全部回答yes)
- 由于conda默认下载最新版本，但由于有的软件不同版本会存在比较多的bug，有时候可能需要下载回老版本，因此需要指定版本可输入命令如：
conda install fastqc=0.11.7 -y
4.卸载软件的命令：conda remove fastqc -y
了解conda环境
1.什么是conda环境？
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(来源：微信公众号生信星球）
2.查看当前conda存在哪些环境
- 输入命令：
conda info --envs进行查看当前conda存在哪些环境(前面带*的是默认的意思)
3.创建新的conda环境
- 输入命令：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y新建一个名为rna-seq的conda环境，指定python=3的版本进行安装fastqc和trimmomatic软件。（一个命令可以做辣么多事情，厉害！）
- 重新查看一下conda环境目录，发现多了刚刚创建的环境，创建成功。
4.激活conda环境
- 输入命令：
conda activate rna-seq进行激活conda环境 - 激活新的环境之后再看一下当前的conda环境，可以发现*移到rna-seq中，说明已经进入rna-seq的conda环境。同时看上图可以发现最后一行为（rna-seq)开头。
5.退出当前的conda环境
- 输入命令:
conda deactivate可以退出当前的conda环境。 - 可以发现当前环境又回到了最开始的环境（base)
总结上述基础命令
wget + 复制链接 #下载miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装miniconda
source ~/.bashrc #激活conda
conda #说明激活conda成功
conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda search fastqc #搜索conda软件
conda install fastqc -y #安装fastqc软件
#conda install fastqc=0.11.7 -y #指定下载版本
conda remove fastqc -y #卸载软件
conda info --envs #查看conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立新的conda的环境
conda activate rna-seq #激活新的conda环境
conda deactivate #退出当前的conda环境
以上代码均来源于微信公众号：生信星球
以上就是今天跟随生信学习小组豆豆花花学习到的内容啦，很开心今天又可以进一步了解linux，继续加油鸭！
