Gephi作为一款社会网络分析作图的开源、轻量级软件,和ucinet相比,做的图渲染效果更好,更加美观。关于Gephi软件的教程,网上已有太多,不一而足。既然珠玉在前,就不赘述。下面就于笔者对Gephi使用的一些资料与心得整理。
——这是本文的思路结构
1.数据导入 2.作图 3.Gephi和ucinet的比较
1.数据导入
相比于UCINET的导入数据格式,Gephi要求的原始数据更加灵活,主要分为三种:
1.1 列表数据:
例如以博士就业的“来源-目标”为例:(当然优势根据需要还可以加入权重weight)
source | target |
---|---|
中山大学 | 中南大学 |
吉林大学 | 南京大学 |
1.2分表数据:数据节点与边分成两个表存储形式
- 节点表格
Id | Label | Type |
---|---|---|
1 | Apem | 3 |
2 | agro1 | 2 |
- 边表格
source | Target | Weight |
---|---|---|
1 | 2 | 3 |
3 | 2 | 3 |
上面两种格式,都需要在Gephi中导入xslx/csv文件。在这里,就需要在软件内提前下载插件“Convert Excel and csv files to networks”,教程如下:开源分析方法 | 专利网络可视化利器——Gephi
1.3共现矩阵:共现矩阵存储形式
张三 | 李四 | 王五 | |
---|---|---|---|
张三 | 2 | 3 | 1 |
李四 | 2 | 3 | 2 |
王五 | 2 | 3 | 3 |
将原始的列表数据转化为共现矩阵,进而导入到Gephi(亦或是UCINET、Pajek)是最为常见的数据转化方法。但是通常情况下,无论是用BibExcel还是用BICOMB2,步骤都比较繁琐。相关参考资料如下,以供参考:
1.关键词词频共现分析——基于BibExcel和Pajek分析工具
2.词频共现矩阵分析步骤
3.应用BICOMB2处理EXCEL数据软件生成共现矩阵案例
在这里笔者安利一个神仙公众号,“学术点滴”。UP主做了一个CO_OC1.7软件,能够瞬间做共现及相异矩阵,同时将bibexcel、ucinet、pajek、vosviewer、gCLUTO(双聚类)、内容挖掘系统(ROSTCM6)作为插件集合于CO_OC1.7软件中,方便一体化分析及比较分析,节省时间。亲测有效,文章链接如下:
2.作图
网上关于作图的教程较为详细,多结合案例讲解,容易上手。参考如下:
1.Gephi网络图极简教程
2.Gephi教程实战:从入门到精通
3.开源分析方法 | 专利网络可视化利器——Gephi
4.1微信公众号 “胡大大数据”系列教程1
4.2微信公众号 “胡大大数据”系列教程2
4.3微信公众号 “胡大大数据”系列教程3
4.4微信公众号 “胡大大数据”系列教程4
3.Gephi跟UCINET的简单
(1)统计功能:Gephi<UCINET
Gephi为整个网络布局提供了一系列统计分析,包括平均度、平均加权度、网络直径、图密度、平均聚类系数等。这些功能在软解界面的右侧。而UCINET的统计分析功能更加强大,且能容纳更大体量的数据(行列小于255)。具体可以参见笔者前一篇关于UCINET软件界面的介绍:社会网络分析与UCINET 学习(一)
(2)作图渲染:Gephi>UCINET
Gephi提供12中布局方式,其中,力导向算法(Force Atlas和 ForceAtlas2)、圆形布局和胡一凡布局(Yifan Hu、Yifan Hu比例、Yifan Hu多水平)是六种最主要的布局算法。而且Gephi做的图可以导出为SVG格式,SVG格式即可以在AI上完善,也可以在相关的SVG在线修改网站上进一步增加美术内容。为了更直观的表现出两者作图的效果差异,笔者举如下两张图:
但是这不是说明Gephi的作图效果一定就比UCINET好,一切都是“以图能最直观的表达观点”为直接目标。所以需要对这两种作图软件尽量上手,拿两者做的图相互比较,选择最能代表研究观点的图。如同研究一样,一切都是以表达观点为立意点,切不可成了炫技的秀方法文章。