#在原来有tissue信息的ArchR对象里获取SampleID和tissue对应表，如已有对应表可跳过这步
atac <- loadArchRProject('/ATAC/ArchR/atac')
library(dplyr)
result <- atac@cellColData %>%
as.data.frame() %>%
filter(Sample %in% c("SampleID1","SampleID2")) %>%
select(Sample, tissue)%>% #保留Sample, tissue这两列
distinct(Sample, .keep_all = TRUE) #去重
#result
#Sample tissue
#SampleID1 tissue1
#SampleID2 tissue2
class(result)
#[1] "data.frame"
##在projHeme1里加一列新的tissue信息，根据result里Sample和tissue对应关系
projHeme1$tissue <- result$tissue[match(projHeme1$Sample, result$Sample)]
#画图查看
pdf("Plot-UMAP-tissue-Clusters.pdf")
plotEmbedding(ArchRProj = projHeme1, colorBy = "cellColData", name = "tissue", embedding = "UMAP")
dev.off()
saveArchRProject(ArchRProj = projHeme1, outputDirectory = "/ATAC/ArchR/projHeme1", load = T)
在ArchRProject@cellColData里加新的一列tissue信息，SampleID和tissue对齐
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