最近有位粉丝咨询小编，如何基于TCGA差异表达的数据，绘制lncRNA的火山图。自己折腾了半天，没有弄出来。 今天小编就跟大家分享一下，如何单独把lncRNA从所有的差异表达分析结果里面挑出来，绘制火山图。前面小编给大家分享过如何基于TCGA的数据做差异表达分析
也跟大家分享过怎么绘制火山图
☞ 火山图怎么看
我们就直接基于所有RNA的差异表达分析结果来绘制lncRNA的火山图
#读入所有RNA的差异表达分析结果
DEA=read.table("RNAseq_limma_all_result.txt",header=T,sep="\t")
#挑选lncRNA的差异表达分析结果
DElnc=subset(DEA,group=="long_non_coding")
#查看维度
dim(DElnc)
#[1] 980 8
#加载EnhancedVolcano包
library(EnhancedVolcano)
#绘制lncRNA的火山图
EnhancedVolcano(DElnc,
lab=DElnc$symbol,
x="logFC",
y="FDR",
pCutoff=0.05
)
#保存图片
ggsave(file="DElnc_volcano.pdf",width=7,height=5)
最终我们可以得到下面这张火山图
具体怎么优化这样火山图，可以参考
更多基于TCGA数据的挖掘干货
获取RNAseq_limma_all_result.txt文件
