让我看看,是哪个软件可以让Venn Plot 和 Upset Plot 一秒出图?

前段时间,科研所需,学习了一下Venn图的绘制。一方面看了看Tbtools上的相关绘图功能,另一方面也了解了一下别人对于Venn图的理解和应用,这篇文章主要说说我个人认为比较有用的部分,和你们分享哈。

1. Venn plot 和 Upset plot 的关系?

Venn Plot 韦恩图,在不太严格的意义下用以表示 集合关系 的一种草图。这里的集合,没错,就是我们高中学的集合。

集合数 ≤ 4使用 Venn Plot 可视性强 (TBtools绘制) 

然而当集合数量变多,你的Venn图就会变成:

看起来稍显凌乱,not very well(TBtools绘制) 

Upset Plot 韦恩图进阶版,可以很好地展示多个集合(≥5个)之间的关系。

集合数>4 时 Upset Plot 则是最佳选择(TBtools绘制)


2. TBtools上相关功能如何使用?

有这三个功能

功能1,支持2-6组的set绘制韦恩图,文件可直接拖拽,适用于2-4个set的情况,5或6就可以,就是不太好看。

准备数据
一秒出图

功能2和3都是 upset plot,唯一的区别就是up to any set是逐个添加集合,类似于1添加文件的过程;而3则是batch,就是批量,可一口气拖拽所有文件。导入文件后,还是直接开始即可。

2界面
3界面

至于如何解读Upset Plot,盯着你的结果图5分钟,仔细思考,我觉得你会明白的。

这里,如果你想利用Upset包绘图,可以直奔 https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83109527


3. 或许 Venn 和 Upset 可以结合一下? 

在了解别人是如何画韦恩图的时候,看到这样一句话: upset plot唯一的槽点是空白的地方太多。看了看,确实是,于是人家提出,或许可以将二者结合?

内容会更丰富,且毫无违和感

原文见:http://www.360doc.com/content/18/0810/14/33037066_777220390.shtml

并且这里面非对称的venn图让我很感兴趣,于是我找到了这个这个软件:http://sysbio.uni-ulm.de/?Software:VennMaster

如果你也需要这个软件,首先下载安装方法在主页说的非常清楚了,打开软件之后,针对咱们之前为Tbtools准备的文件,可以打开这个选项,同时打开几个集合,就会得到下图。在图片上右键可以修改颜色,添加一些标签等,自己点点试试,一目了然。

打开这个选项
针对你想添加label的地方右键,进行一些设置

总之,用TBtools出图无疑是方便快捷的,尤其是在set数比较少的时候,可以说是首选。当你的样本量较大,有更多的需求时,或者可以尝试写写代码,用用其他软件丰富你的结果哈。


今日份鸡汤:功不唐捐,玉汝于成,每天再多努力一点点吧!

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 194,088评论 5 459
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 81,715评论 2 371
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 141,361评论 0 319
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 52,099评论 1 263
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 60,987评论 4 355
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 46,063评论 1 272
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 36,486评论 3 381
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 35,175评论 0 253
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 39,440评论 1 290
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 34,518评论 2 309
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 36,305评论 1 326
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 32,190评论 3 312
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 37,550评论 3 298
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 28,880评论 0 17
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 30,152评论 1 250
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 41,451评论 2 341
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 40,637评论 2 335

推荐阅读更多精彩内容